序列补全

对 DNA 序列进行逆序、互补或反向互补，从而得到方向转换后的新序列。

1) 逆序

• 作用： 只把 DNA 序列的字符顺序倒过来而不替换碱基，用于检查或构造相反的位置顺序。
• 处理方法： 从末尾向前读取碱基，保留原字符。
• API： dnakit.ops.reverse(sequence[必须])。
• 输入： 必填一条 DNASequence；无额外必填参数。
• 输出： 返回处理后的 DNASequence，序列内容可从 symbols 读取。
• 示例代码：

from dnakit import DNASequence
from dnakit.ops import reverse

seq = DNASequence("AATCGC")
print(reverse(seq).symbols)

• 示例结果：

CGCTAA

2) 互补

• 作用： 按碱基配对规则把每个 DNA 碱基替换为互补碱基，但保持原有位置顺序，用于构造对应互补链。
• 处理方法： 按 DNA 碱基互补表逐位替换，位置顺序不变。
• API： dnakit.ops.complement(sequence[必须])。
• 输入： 必填一条 DNASequence；无额外必填参数。
• 输出： 返回处理后的 DNASequence，序列内容可从 symbols 读取。
• 示例代码：

from dnakit import DNASequence
from dnakit.ops import complement

seq = DNASequence("AATCGC")
print(complement(seq).symbols)

• 示例结果：

TTAGCG

3) 反向互补

• 作用： 同时反转序列顺序并替换为互补碱基，得到另一条链的 5′→3′ 表示，可用于反向链搜索、方向统一和引物分析。
• 处理方法： 反转碱基顺序后取互补，同步映射方向、feature 和逐碱基注释。
• API： dnakit.ops.reverse_complement(value, output_path=None, *, feature_policy="preserve", read_config=None, write_config=None, sequence_column=None, show_progress=True)。
• 输入： DNA 文本、文件路径，或单记录 DNA、DNASequence、DNARecord。文本返回字符串，文件返回 WriteResult；输入和输出路径必须不同，默认不覆盖已有输出。FAQ：详细说明。
• 输出： 返回反向互补后的 DNASequence 或 DNA，文件输入可写出到指定路径。
• 示例代码：

from dnakit import DNA
from dnakit.ops import reverse_complement

dna = DNA("AATCGC", id="seq-1")
print(reverse_complement(dna).symbols)

• 示例结果：

GCGATT

4) 计算 DNA 序列的反向互补

• 作用： 计算 DNA 序列的反向互补。
• 处理方法： 按 A↔T、C↔G、N↔N 互补后反转顺序。
• API： dnakit.databases.sequence_reverse_complement(*, operation=None, sequence, verbose=True)
• 输入： 必须提供 sequence。
• 输出： 返回字典，包含 data 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.sequence_reverse_complement(
    operation='reverse_complement',
    sequence='ATGCGATCG',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "data": {
    "original": "<string>",
    "reverse_complement": "<string>",
    "length": "<integer>"
  }
}

完整参数与使用说明

5) 计算双链 DNA 的反向互补

• 作用： 反转双链 DNA 的方向，并保留双链及末端结构。
• 计算方法： 交换 Watson 链与 Crick 链，并调整两条链的相对位置。
• API： dnakit.bioinformatics.cloning.Duplex.from_sequence(sequence, circular=False); Duplex.reverse_complement()
• 输入： 完全互补双链或 A/C/G/T 序列；不支持 nick、内部 gap 或错配。
• 输出： 返回反向互补后的 Duplex，保留两条链及末端结构。
• 示例代码：

from dnakit.bioinformatics.cloning import Duplex

molecule = Duplex.from_sequence("AACCGGTT")
print(molecule.reverse_complement().watson)

• 示例结果：

AACCGGTT

示例序列与它的反向互补相同。

依赖与实现说明。