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模式生物、物种与微生物组查询

查询模式生物、物种分类和微生物组数据。

1) 查询物种分类与 TaxID

  • 作用： 按物种名称、TaxID 或别名获取分类记录，用于确定查询和下载目标。
  • 计算方法： 查询 NCBI Taxonomy，将分类报告整理为 QueryResult。
  • API： dnakit.search.taxonomy(query[必须], report[可选], children[可选], include_lineage[可选], ranks[可选], page_size[可选], page_token[可选], config[可选], verbose[可选])
  • 输入： 物种名称或 TaxID；可选报告类型、子节点、谱系、等级、分页和 SearchConfig。需要联网。
  • 输出： 返回 QueryResult，包含查询记录 records、数据源 provider 和分页信息。
  • 示例代码：
from dnakit.search import SearchConfig, taxonomy

config = SearchConfig(timeout=30, max_response_bytes=20_000_000, max_records=100)
result = taxonomy("human", page_size=5, config=config, verbose=False)
print(result.query_type, result.provider, len(result.records))
  • 示例结果： 以下为返回格式，未执行联网查询；实际记录数由在线数据库决定。
taxonomy NCBI Datasets <返回记录数>

2) 查询果蝇基因详情

  • 作用： 查询果蝇基因详情。
  • 处理方法： 通过 AllianceGenome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.fly_base_get_gene(*, gene_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_id。
  • 输出： 返回字典，包含 id, symbol, name, species 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.fly_base_get_gene(
    gene_id='FB:FBgn0003996',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "id": "<string>",
  "symbol": "<string>",
  "name": "<string>",
  "species": {
    "name": "<string>",
    "short_name": "<string>",
    "taxon_id": "<string>",
    "data_provider": "<string>"
  },
  "gene_synopsis": "<string>",
  "automated_gene_synopsis": "<string>",
  "synonyms": [
    "<string>"
  ],
  "so_term": "<string>"
}

完整参数与使用说明

3) 查询果蝇基因等位变异与表型

  • 作用： 查询果蝇基因等位变异与表型。
  • 处理方法： 通过 AllianceGenome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.fly_base_get_gene_alleles(*, gene_id, limit=None, page=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_id。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 id, symbol, symbol_text, category 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.fly_base_get_gene_alleles(
    gene_id='FB:FBgn0000490',
    limit=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "id": "<string>",
    "symbol": "<string>",
    "symbol_text": "<string>",
    "category": "<string>",
    "has_disease": "<boolean>",
    "has_phenotype": "<boolean>",
    "variants": [
      "<object>"
    ]
  }
]

完整参数与使用说明

4) 查询果蝇基因相关疾病模型

  • 作用： 查询果蝇基因相关疾病模型。
  • 处理方法： 通过 AllianceGenome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.fly_base_get_gene_disease_models(*, gene_id, limit=None, page=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_id。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 model_id, model_name, gene_symbol, gene_id 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.fly_base_get_gene_disease_models(
    gene_id='FB:FBgn0000490',
    limit=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "model_id": "<string>",
    "model_name": "<string>",
    "gene_symbol": "<string>",
    "gene_id": "<string>",
    "data_provider": "<string>",
    "diseases": [
      "<object>"
    ]
  }
]

完整参数与使用说明

5) 查询果蝇基因的发育阶段与组织表达

  • 作用： 查询果蝇基因的发育阶段与组织表达。
  • 处理方法： 通过 AllianceGenome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.fly_base_get_gene_expression(*, gene_id, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_id。
  • 输出： 返回字典，包含 total_annotations, returned, annotations 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.fly_base_get_gene_expression(
    gene_id='FB:FBgn0000490',
    limit=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "total_annotations": "<integer>",
  "returned": "<integer>",
  "annotations": [
    {
      "stage": "<string>",
      "location": "<string>",
      "data_provider": "<string>",
      "reference": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

6) 查询果蝇基因分子互作与遗传互作

  • 作用： 查询果蝇基因分子互作与遗传互作。
  • 处理方法： 通过 AllianceGenome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.fly_base_get_gene_interactions(*, gene_id, interaction_type=None, limit=None, page=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_id。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 subject_gene_id, subject_symbol, interactor_gene_id, interactor_symbol 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.fly_base_get_gene_interactions(
    gene_id='FB:FBgn0000490',
    interaction_type='genetic',
    limit=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "subject_gene_id": "<string>",
    "subject_symbol": "<string>",
    "interactor_gene_id": "<string>",
    "interactor_symbol": "<string>",
    "interactor_species": "<string>",
    "interaction_type": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

7) 查询果蝇基因的跨物种直系同源关系

  • 作用： 查询果蝇基因的跨物种直系同源关系。
  • 处理方法： 通过 AllianceGenome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.fly_base_get_gene_orthologs(*, gene_id, limit=None, page=None, stringency=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_id。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 subject_gene_id, subject_symbol, subject_species, ortholog_gene_id 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.fly_base_get_gene_orthologs(
    gene_id='FB:FBgn0004647',
    limit=10,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "subject_gene_id": "<string>",
    "subject_symbol": "<string>",
    "subject_species": "<string>",
    "ortholog_gene_id": "<string>",
    "ortholog_symbol": "<string>",
    "ortholog_species": "<string>",
    "is_best_score": "<string>",
    "is_best_score_reverse": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

  • 作用： 检索果蝇综合基因组学记录。
  • 处理方法： 通过 Base 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.fly_mine_search(*, q, size=None, format=None, facet_Category=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 q。
  • 输出： 返回字典，包含 totalHits, facets, results 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.fly_mine_search(
    q='Notch',
    size=5,
    format='json',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "totalHits": "<integer>",
  "facets": "<object>",
  "results": [
    {
      "id": "<integer>",
      "type": "<string>",
      "relevance": "<number>",
      "fields": "<object>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

9) 按分类编号查询 GBIF 物种详情

  • 作用： 按分类编号查询 GBIF 物种详情。
  • 处理方法： 通过 Base 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gbif_get_species(*, speciesKey, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 speciesKey。
  • 输出： 返回字典，包含 key, scientificName, canonicalName, vernacularName 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gbif_get_species(
    speciesKey=2435099,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "key": "<integer>",
  "scientificName": "<string>",
  "canonicalName": "<string>",
  "vernacularName": "<string>",
  "authorship": "<string>",
  "rank": "<string>",
  "taxonomicStatus": "<string>",
  "kingdom": "<string>"
}

完整参数与使用说明

10) 检索 GBIF 物种名称与分类

  • 作用： 检索 GBIF 物种名称与分类。
  • 处理方法： 通过 GBIF 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gbif_search_species(*, query, limit=None, offset=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 query。
  • 输出： 字典的 data 包含 GBIF 物种搜索响应及分页信息。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gbif_search_species(
    query='Arabidopsis thaliana',
    limit=3,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 字典的 data 包含 GBIF 物种搜索响应及分页信息。

完整参数与使用说明

11) 查询 GTDB 物种簇及其基因组

  • 作用： 查询 GTDB 物种簇及其基因组。
  • 处理方法： 通过 GTDB 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gtdb_get_species(*, operation=None, species, max_genomes=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 species。
  • 输出： 返回字典，包含 species_name, total_genomes, genomes_shown, genomes 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gtdb_get_species(
    operation='get_species',
    species='Escherichia coli',
    max_genomes=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "species_name": "<string>",
  "total_genomes": "<integer>",
  "genomes_shown": "<integer>",
  "genomes": [
    {
      "accession": "<string>",
      "ncbi_org_name": "<string>",
      "ncbi_tax": "<string>",
      "gtdb_species_rep": "<boolean>",
      "ncbi_type_material": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

12) 查询 GTDB 分类层级与版本历史

  • 作用： 查询 GTDB 分类层级与版本历史。
  • 处理方法： 通过 GTDB 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gtdb_get_taxon_info(*, operation=None, taxon, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 taxon。
  • 输出： 返回字典，包含 taxon, rank, n_genomes, higher_ranks 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gtdb_get_taxon_info(
    operation='get_taxon_info',
    taxon='f__Lachnospiraceae',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "taxon": "<string>",
  "rank": "<string>",
  "n_genomes": "<integer>",
  "higher_ranks": [
    "<string>"
  ],
  "in_releases": [
    "<string>"
  ],
  "lineage": "<object>"
}

完整参数与使用说明

13) 按物种名称检索原核基因组

  • 作用： 按物种名称检索原核基因组。
  • 处理方法： 通过 GTDB 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gtdb_search_genomes(*, operation=None, query, page=None, items_per_page=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 query。
  • 输出： 返回字典，包含 query, match_type, total_results, total_results_scope 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gtdb_search_genomes(
    operation='search_genomes',
    query='Escherichia',
    items_per_page=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "query": "<string>",
  "match_type": "<string>",
  "total_results": "<integer>",
  "total_results_scope": "<string>",
  "note": "<string>",
  "page": "<integer>",
  "results": [
    {
      "gid": "<string>",
      "accession": "<string>",
      "ncbiOrgName": "<string>",
      "ncbiTaxonomy": "<string>",
      "gtdbTaxonomy": "<string>",
      "isGtdbSpeciesRep": "<boolean>",
      "isNcbiTypeMaterial": "<boolean>"
    }
  ],
  "count": "<integer>"
}

完整参数与使用说明

14) 按部分名称检索原核分类单元

  • 作用： 按部分名称检索原核分类单元。
  • 处理方法： 通过 GTDB 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gtdb_search_taxon(*, operation=None, query, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 query。
  • 输出： 返回字典，包含 query, matches, count 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gtdb_search_taxon(
    operation='search_taxon',
    query='Lachnospiraceae',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "query": "<string>",
  "matches": [
    "<string>"
  ],
  "count": "<integer>"
}

完整参数与使用说明

15) 按 MGI 编号查询小鼠基因详情

  • 作用： 按 MGI 编号查询小鼠基因详情。
  • 处理方法： 通过 AllianceGenome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.mgi_get_gene(*, gene_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_id。
  • 输出： 返回字典，包含 id, symbol, name, species 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.mgi_get_gene(
    gene_id='MGI:98834',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "id": "<string>",
  "symbol": "<string>",
  "name": "<string>",
  "species": {
    "name": "<string>",
    "short_name": "<string>",
    "taxon_id": "<string>",
    "data_provider": "<string>"
  },
  "gene_synopsis": "<string>",
  "automated_gene_synopsis": "<string>",
  "synonyms": [
    "<string>"
  ],
  "so_term": "<string>"
}

完整参数与使用说明

16) 查询小鼠基因的突变表型注释

  • 作用： 查询小鼠基因的突变表型注释。
  • 处理方法： 通过 AllianceGenome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.mgi_get_phenotypes(*, gene_id, limit=None, page=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_id。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 gene_symbol, gene_id, phenotype_statement 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.mgi_get_phenotypes(
    gene_id='MGI:98834',
    limit=10,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "gene_symbol": "<string>",
    "gene_id": "<string>",
    "phenotype_statement": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

17) 按名称或关键词检索小鼠基因

  • 作用： 按名称或关键词检索小鼠基因。
  • 处理方法： 通过 AllianceGenome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.mgi_search_genes(*, query, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 query。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 symbol, name, gene_id, category 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.mgi_search_genes(
    query='Trp53',
    limit=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "symbol": "<string>",
    "name": "<string>",
    "gene_id": "<string>",
    "category": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

18) 查询微生物基因组质量与分类信息

  • 作用： 查询微生物基因组质量与分类信息。
  • 处理方法： 通过 MGnifyExpanded 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.mgnify_get_genome(*, genome_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 genome_id。
  • 输出： 返回字典，包含 genome_id, type, taxonomy, completeness 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.mgnify_get_genome(
    genome_id='MGYG000000001',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "genome_id": "<string>",
  "type": "<string>",
  "taxonomy": "<string>",
  "completeness": "<number>",
  "contamination": "<number>",
  "length": "<integer>",
  "num_proteins": "<integer>",
  "gc_content": "<number>"
}

完整参数与使用说明

19) 查询宏基因组分析的 GO 功能注释

  • 作用： 查询宏基因组分析的 GO 功能注释。
  • 处理方法： 通过 MGnifyExpanded 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.mgnify_get_go_terms(*, analysis_id, page_size=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 analysis_id。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 go_id, description, count, category 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.mgnify_get_go_terms(
    analysis_id='MGYA00585482',
    page_size=10,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "go_id": "<string>",
    "description": "<string>",
    "count": "<integer>",
    "category": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

20) 查询宏基因组分析的蛋白结构域组成

  • 作用： 查询宏基因组分析的蛋白结构域组成。
  • 处理方法： 通过 MGnifyExpanded 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.mgnify_get_interpro(*, analysis_id, page_size=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 analysis_id。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 interpro_id, description, count 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.mgnify_get_interpro(
    analysis_id='MGYA00585482',
    page_size=10,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "interpro_id": "<string>",
    "description": "<string>",
    "count": "<integer>"
  }
]

完整参数与使用说明

21) 查询 MGnify 宏基因组研究详情

  • 作用： 查询 MGnify 宏基因组研究详情。
  • 处理方法： 通过 MGnifyExpanded 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.mgnify_get_study_detail(*, study_accession, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 study_accession。
  • 输出： 返回字典，包含 study_id, study_name, study_abstract, bioproject 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.mgnify_get_study_detail(
    study_accession='MGYS00002008',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "study_id": "<string>",
  "study_name": "<string>",
  "study_abstract": "<string>",
  "bioproject": "<string>",
  "centre_name": "<string>",
  "biomes": [
    "<string>"
  ],
  "is_public": "<boolean>",
  "samples_count": "<integer>"
}

完整参数与使用说明

22) 查询宏基因组分类组成与丰度

  • 作用： 查询宏基因组分类组成与丰度。
  • 处理方法： 通过 MGnifyExpanded 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.mgnify_get_taxonomy(*, analysis_id, rna_type=None, page_size=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 analysis_id。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 organism_id, name, rank, domain 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.mgnify_get_taxonomy(
    analysis_id='MGYA00585482',
    page_size=10,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "organism_id": "<string>",
    "name": "<string>",
    "rank": "<string>",
    "domain": "<string>",
    "count": "<integer>",
    "lineage": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

23) 列出指定宏基因组研究的分析记录

  • 作用： 列出指定宏基因组研究的分析记录。
  • 处理方法： 通过 MGnifyAnalyses 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.mgnify_list_analyses(*, study_accession, size=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 study_accession。
  • 输出： data 中包含指定研究的 MGnify 分析记录及服务返回的分页信息。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.mgnify_list_analyses(
    study_accession='MGYS00000596',
    size=3,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： data 中包含指定研究的 MGnify 分析记录及服务返回的分页信息。

完整参数与使用说明

24) 浏览宏基因组生境分类

  • 作用： 浏览宏基因组生境分类。
  • 处理方法： 通过 MGnifyExpanded 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.mgnify_list_biomes(*, depth=None, page=None, page_size=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 biome_id, biome_name, samples_count 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.mgnify_list_biomes(
    page_size=10,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "biome_id": "<string>",
    "biome_name": "<string>",
    "samples_count": "<integer>"
  }
]

完整参数与使用说明

25) 检索宏基因组组装与分离株基因组

  • 作用： 检索宏基因组组装与分离株基因组。
  • 处理方法： 通过 MGnifyExpanded 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.mgnify_search_genomes(*, taxonomy=None, page=None, page_size=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 genome_id, type, taxonomy, completeness 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.mgnify_search_genomes(
    page=1,
    page_size=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "genome_id": "<string>",
    "type": "<string>",
    "taxonomy": "<string>",
    "completeness": "<number>",
    "contamination": "<number>",
    "length": "<integer>",
    "num_proteins": "<integer>"
  }
]

完整参数与使用说明

26) 按生境与关键词检索宏基因组研究

  • 作用： 按生境与关键词检索宏基因组研究。
  • 处理方法： 通过 MGnifyStudies 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.mgnify_search_studies(*, biome=None, search=None, size=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： data 中包含 MGnify 研究检索结果及服务返回的分页信息。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.mgnify_search_studies(
    search='human gut',
    size=3,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： data 中包含 MGnify 研究检索结果及服务返回的分页信息。

完整参数与使用说明

27) 检索全球植物名称与分类记录

  • 作用： 检索全球植物名称与分类记录。
  • 处理方法： 通过 Base 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.powo_search_plants(*, q, f=None, perPage=None, cursor=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 q。
  • 输出： 返回字典，包含 totalResults, page, totalPages, perPage 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.powo_search_plants(
    q='Rosa canina',
    f='species_f:true',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "totalResults": "<integer>",
  "page": "<integer>",
  "totalPages": "<integer>",
  "perPage": "<integer>",
  "cursor": "<string>",
  "results": [
    {
      "accepted": "<boolean>",
      "author": "<string>",
      "kingdom": "<string>",
      "family": "<string>",
      "name": "<string>",
      "rank": "<string>",
      "snippet": "<string>",
      "url": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

28) 查询大鼠基因的疾病、表型与功能注释

  • 作用： 查询大鼠基因的疾病、表型与功能注释。
  • 处理方法： 通过 RGD 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.rgd_get_annotations(*, rgd_id, aspect=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 rgd_id。
  • 输出： 返回“查询大鼠基因的疾病、表型与功能注释”的列表；元素结构见下方示例。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.rgd_get_annotations(
    rgd_id='2218',
    aspect='D',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  "<value>"
]

完整参数与使用说明

29) 按 RGD 编号查询大鼠基因详情

  • 作用： 按 RGD 编号查询大鼠基因详情。
  • 处理方法： 通过 RGD 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.rgd_get_gene(*, rgd_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 rgd_id。
  • 输出： 返回大鼠基因名称、功能描述、基因类型及 Ensembl 交叉引用。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.rgd_get_gene(
    rgd_id='2218',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回大鼠基因名称、功能描述、基因类型及 Ensembl 交叉引用。

完整参数与使用说明

30) 查询大鼠基因的跨物种直系同源关系

  • 作用： 查询大鼠基因的跨物种直系同源关系。
  • 处理方法： 通过 RGD 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.rgd_get_orthologs(*, rgd_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 rgd_id。
  • 输出： 返回“查询大鼠基因的跨物种直系同源关系”的列表；元素结构见下方示例。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.rgd_get_orthologs(
    rgd_id='2218',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  "<value>"
]

完整参数与使用说明

31) 查询大鼠基因组区间的数量性状位点

  • 作用： 查询大鼠基因组区间的数量性状位点。
  • 处理方法： 通过 RGD 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.rgd_get_qtls_in_region(*, chromosome, start, stop, map_key, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 chromosome, start, stop, map_key。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 rgd_id, symbol, name, chromosome 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.rgd_get_qtls_in_region(
    chromosome='10',
    start=1,
    stop=50000000,
    map_key=360,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "rgd_id": "<integer>",
    "symbol": "<string>",
    "name": "<string>",
    "chromosome": "<string>",
    "lod": "<number>",
    "p_value": "<number>",
    "variance": "<number>",
    "inheritance_type": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

32) 按品系名称查询大鼠品系详情

  • 作用： 按品系名称查询大鼠品系详情。
  • 处理方法： 通过 RGDStrain 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.rgd_get_strain(*, symbol, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 symbol。
  • 输出： 返回字典，包含 rgd_id, symbol, name, full_strain_name 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.rgd_get_strain(
    symbol='SHR',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "rgd_id": "<integer>",
  "symbol": "<string>",
  "name": "<string>",
  "full_strain_name": "<string>",
  "substrain": "<string>",
  "strain_type": "<string>",
  "genetics": "<string>",
  "origin": "<string>"
}

完整参数与使用说明

33) 查询大鼠品系的疾病与表型注释

  • 作用： 查询大鼠品系的疾病与表型注释。
  • 处理方法： 通过 RGDStrain 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.rgd_get_strain_annotations(*, symbol, category=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 symbol。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 term, term_acc, category, aspect 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.rgd_get_strain_annotations(
    symbol='SHR',
    category='disease',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "term": "<string>",
    "term_acc": "<string>",
    "category": "<string>",
    "aspect": "<string>",
    "qualifier": "<string>",
    "evidence": "<string>",
    "data_source": "<string>",
    "ref_rgd_id": "<integer>"
  }
]

完整参数与使用说明

34) 按名称或关键词检索 RGD 基因

  • 作用： 按名称或关键词检索 RGD 基因。
  • 处理方法： 通过 RGD 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.rgd_search_genes(*, query, species=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 query。
  • 输出： 返回“按名称或关键词检索 RGD 基因”的列表；元素结构见下方示例。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.rgd_search_genes(
    query='Brca1',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  "<value>"
]

完整参数与使用说明

35) 按关键词与类型检索大鼠品系

  • 作用： 按关键词与类型检索大鼠品系。
  • 处理方法： 通过 RGDStrain 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.rgd_search_strains(*, query=None, strain_type=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 rgd_id, symbol, name, full_strain_name 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.rgd_search_strains(
    query='hypertensive',
    strain_type='inbred',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "rgd_id": "<integer>",
    "symbol": "<string>",
    "name": "<string>",
    "full_strain_name": "<string>",
    "substrain": "<string>",
    "strain_type": "<string>",
    "genetics": "<string>",
    "origin": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

36) 查询酵母基因与基因座概况

  • 作用： 查询酵母基因与基因座概况。
  • 处理方法： 通过 SGD 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.sgd_get_gene(*, sgd_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 sgd_id。
  • 输出： 返回字典，包含 sgd_id, display_name, gene_name, systematic_name 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.sgd_get_gene(
    sgd_id='S000000259',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "sgd_id": "<string>",
  "display_name": "<string>",
  "gene_name": "<string>",
  "systematic_name": "<string>",
  "locus_type": "<string>",
  "description": "<string>",
  "uniprot_id": "<string>",
  "aliases": [
    "<string>"
  ]
}

完整参数与使用说明

37) 查询酵母基因的 GO 注释与证据

  • 作用： 查询酵母基因的 GO 注释与证据。
  • 处理方法： 通过 SGD 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.sgd_get_go_annotations(*, sgd_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 sgd_id。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 go_id, go_term, go_aspect, evidence_code 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.sgd_get_go_annotations(
    sgd_id='S000003219',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "go_id": "<string>",
    "go_term": "<string>",
    "go_aspect": "<string>",
    "evidence_code": "<string>",
    "qualifier": "<string>",
    "annotation_type": "<string>",
    "reference": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

38) 查询酵母基因的遗传与物理互作

  • 作用： 查询酵母基因的遗传与物理互作。
  • 处理方法： 通过 SGD 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.sgd_get_interactions(*, sgd_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 sgd_id。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 interaction_type, experiment_type, bait_gene, hit_gene 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.sgd_get_interactions(
    sgd_id='S000003219',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "interaction_type": "<string>",
    "experiment_type": "<string>",
    "bait_gene": "<string>",
    "hit_gene": "<string>",
    "annotation_type": "<string>",
    "reference": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

39) 查询酵母突变表型与实验条件

  • 作用： 查询酵母突变表型与实验条件。
  • 处理方法： 通过 SGD 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.sgd_get_phenotypes(*, sgd_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 sgd_id。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 phenotype, mutant_type, experiment_type, strain_name 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.sgd_get_phenotypes(
    sgd_id='S000003219',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "phenotype": "<string>",
    "mutant_type": "<string>",
    "experiment_type": "<string>",
    "strain_name": "<string>",
    "allele": "<string>",
    "chemical": "<string>",
    "reference": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

  • 作用： 跨数据类型检索酵母数据库。
  • 处理方法： 通过 SGD 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.sgd_search(*, query, category=None, limit=None, offset=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 query。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 name, category, description, href 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.sgd_search(
    query='GAL4',
    category='locus',
    limit=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "name": "<string>",
    "category": "<string>",
    "description": "<string>",
    "href": "<string>",
    "aliases": [
      "<value>"
    ]
  }
]

完整参数与使用说明

41) 查询植物形态、生长与繁殖特征

  • 作用： 查询植物形态、生长与繁殖特征。
  • 处理方法： 通过 USDAPlantsCharacteristics 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.usda_plants_get_characteristics(*, symbol, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 symbol。
  • 输出： 返回“查询植物形态、生长与繁殖特征”的列表；元素结构见下方示例。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.usda_plants_get_characteristics(
    symbol='ABBA',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  "<object>"
]

完整参数与使用说明

42) 查询植物名称、分类与生活型

  • 作用： 查询植物名称、分类与生活型。
  • 处理方法： 通过 USDAPlantsProfile 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.usda_plants_get_profile(*, symbol, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 symbol。
  • 输出： 返回植物学名、俗名、分类、生长习性和区域原生状态；精细分布并非所有记录均有。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.usda_plants_get_profile(
    symbol='ABBA',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回植物学名、俗名、分类、生长习性和区域原生状态；精细分布并非所有记录均有。

完整参数与使用说明

43) 查询线虫基因的组织与发育表达

  • 作用： 查询线虫基因的组织与发育表达。
  • 处理方法： 通过 WormBase 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.worm_base_get_expression(*, gene_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_id。
  • 输出： 返回字典，包含 wormbase_id, gene_name, expressed_in_count, expressed_in 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.worm_base_get_expression(
    gene_id='WBGene00006763',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "wormbase_id": "<string>",
  "gene_name": "<string>",
  "expressed_in_count": "<integer>",
  "expressed_in": [
    {
      "term_id": "<string>",
      "term_name": "<string>"
    }
  ],
  "expressed_during": [
    {
      "term_id": "<string>",
      "term_name": "<string>"
    }
  ],
  "subcellular_localization": [
    {
      "term_id": "<string>",
      "term_name": "<string>"
    }
  ],
  "expression_clusters_count": "<integer>",
  "expression_clusters": [
    {
      "cluster_id": "<string>",
      "cluster_label": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

44) 查询秀丽隐杆线虫基因详情

  • 作用： 查询秀丽隐杆线虫基因详情。
  • 处理方法： 通过 WormBase 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.worm_base_get_gene(*, gene_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_id。
  • 输出： 返回字典，包含 wormbase_id, gene_name, sequence_name, species 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.worm_base_get_gene(
    gene_id='WBGene00006763',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "wormbase_id": "<string>",
  "gene_name": "<string>",
  "sequence_name": "<string>",
  "species": "<string>",
  "description": "<string>",
  "gene_type": "<string>",
  "status": "<string>"
}

完整参数与使用说明

45) 查询线虫基因的实验表型

  • 作用： 查询线虫基因的实验表型。
  • 处理方法： 通过 WormBase 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.worm_base_get_phenotypes(*, gene_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_id。
  • 输出： 返回字典，包含 wormbase_id, gene_name, phenotype_count, phenotypes 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.worm_base_get_phenotypes(
    gene_id='WBGene00006763',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "wormbase_id": "<string>",
  "gene_name": "<string>",
  "phenotype_count": "<integer>",
  "phenotypes": [
    {
      "phenotype_id": "<string>",
      "phenotype_name": "<string>",
      "evidence_type": "<string>"
    }
  ],
  "not_observed_count": "<integer>",
  "phenotypes_not_observed": [
    {
      "phenotype_id": "<string>",
      "phenotype_name": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

46) 查询爪蟾基因详情与跨库标识

  • 作用： 查询爪蟾基因详情与跨库标识。
  • 处理方法： 通过 Xenbase 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.xenbase_get_gene(*, gene_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_id。
  • 输出： 返回字典，包含 gene_id, symbol, name, species 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.xenbase_get_gene(
    gene_id='XB-GENE-484286',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "gene_id": "<string>",
  "symbol": "<string>",
  "name": "<string>",
  "species": {
    "name": "<string>",
    "short_name": "<string>",
    "taxon_id": "<string>",
    "data_provider": "<string>"
  },
  "synonyms": [
    "<string>"
  ],
  "gene_synopsis": "<string>",
  "automated_gene_synopsis": "<string>",
  "so_term": "<string>"
}

完整参数与使用说明

47) 检索热带爪蟾与非洲爪蟾基因

  • 作用： 检索热带爪蟾与非洲爪蟾基因。
  • 处理方法： 通过 Xenbase 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.xenbase_search_genes(*, query, species=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 query。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 gene_id, symbol, name, species 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.xenbase_search_genes(
    query='tp53',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "gene_id": "<string>",
    "symbol": "<string>",
    "name": "<string>",
    "species": "<string>",
    "synonyms": [
      "<string>"
    ]
  }
]

完整参数与使用说明

48) 查询斑马鱼基因详情

  • 作用： 查询斑马鱼基因详情。
  • 处理方法： 通过 AllianceGenome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.zfin_get_gene(*, gene_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_id。
  • 输出： 返回字典，包含 id, symbol, name, species 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.zfin_get_gene(
    gene_id='ZFIN:ZDB-GENE-990415-8',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "id": "<string>",
  "symbol": "<string>",
  "name": "<string>",
  "species": {
    "name": "<string>",
    "short_name": "<string>",
    "taxon_id": "<string>",
    "data_provider": "<string>"
  },
  "gene_synopsis": "<string>",
  "automated_gene_synopsis": "<string>",
  "synonyms": [
    "<string>"
  ],
  "so_term": "<string>"
}

完整参数与使用说明

49) 查询斑马鱼基因的发育与组织表达

  • 作用： 查询斑马鱼基因的发育与组织表达。
  • 处理方法： 通过 AllianceGenome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.zfin_get_gene_expression(*, gene_id, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_id。
  • 输出： 返回字典，包含 total_annotations, returned, annotations 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.zfin_get_gene_expression(
    gene_id='ZFIN:ZDB-GENE-980526-166',
    limit=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "total_annotations": "<integer>",
  "returned": "<integer>",
  "annotations": [
    {
      "stage": "<string>",
      "location": "<string>",
      "data_provider": "<string>",
      "reference": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

50) 查询斑马鱼基因突变表型

  • 作用： 查询斑马鱼基因突变表型。
  • 处理方法： 通过 AllianceGenome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.zfin_get_gene_phenotypes(*, gene_id, limit=None, page=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_id。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 gene_symbol, gene_id, phenotype_statement 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.zfin_get_gene_phenotypes(
    gene_id='ZFIN:ZDB-GENE-990415-8',
    limit=10,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "gene_symbol": "<string>",
    "gene_id": "<string>",
    "phenotype_statement": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明