跳转至

人群、样本与连锁查询

依赖与返回值见FAQ。

1) 列出 IGSR 与千人基因组数据集合

  • 作用： 列出 IGSR 与千人基因组数据集合。
  • 处理方法： 通过 IGSR 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.igsr_list_data_collections(*, operation=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 total, returned, collections 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.igsr_list_data_collections(
    operation='list_data_collections',
    limit=20,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "total": "<integer>",
  "returned": "<integer>",
  "collections": [
    {
      "code": "<string>",
      "title": "<string>",
      "short_title": "<string>",
      "sample_count": "<integer>",
      "population_count": "<integer>",
      "data_types": "<array>",
      "website": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

2) 检索千人基因组人群信息

  • 作用： 检索千人基因组人群信息。
  • 处理方法： 通过 IGSR 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.igsr_search_populations(*, operation=None, superpopulation=None, query=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 total, returned, populations 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.igsr_search_populations(
    operation='search_populations',
    superpopulation='EAS',
    limit=10,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "total": "<integer>",
  "returned": "<integer>",
  "populations": [
    {
      "code": "<string>",
      "name": "<string>",
      "description": "<string>",
      "sample_count": "<integer>",
      "superpopulation_code": "<string>",
      "superpopulation_name": "<string>",
      "latitude": "<number>",
      "longitude": "<number>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

3) 按人群或集合检索千人基因组样本

  • 作用： 按人群或集合检索千人基因组样本。
  • 处理方法： 通过 IGSR 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.igsr_search_samples(*, operation=None, population=None, data_collection=None, sample_name=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 total, returned, samples 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.igsr_search_samples(
    operation='search_samples',
    population='GBR',
    limit=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "total": "<integer>",
  "returned": "<integer>",
  "samples": [
    {
      "name": "<string>",
      "sex": "<string>",
      "biosample_id": "<string>",
      "populations": "<array>",
      "data_collections": "<array>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

  • 作用： 查询 SNP 的群体特异性连锁不平衡代理变异。
  • 处理方法： 通过 LDlink 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.ldlink_get_proxies(*, variant, population=None, r2_threshold=None, genome_build=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 variant。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 rsid, r2, coord, alleles 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.ldlink_get_proxies(
    variant='rs7903146',
    population='CEU',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "rsid": "<string>",
    "r2": "<number>",
    "coord": "<string>",
    "alleles": "<string>",
    "maf": "<string>",
    "distance": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明