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表达、调控与肿瘤数据查询

查询基因表达、调控和肿瘤数据。

1) 按关键词查询 GEO 表达数据

  • 作用： 查找匹配关键词的 GEO 表达数据记录，获取摘要与来源信息。
  • 计算方法： 通过 NCBI Entrez 查询 GEO，返回统一的 QueryResult。
  • API： dnakit.search.expression(term[必须], retmax[可选], config[可选], verbose[可选])
  • 输入： Entrez 查询词；可选返回记录上限 retmax 和 SearchConfig。需要联网。
  • 输出： 返回 QueryResult，包含查询记录 records、数据源 provider 和分页信息。
  • 示例代码：
from dnakit.search import expression

result = expression("single cell RNA sequencing[All Fields]", retmax=20, verbose=False)
print(result.query_type, result.provider, len(result.records))
  • 示例结果： 以下为返回格式，未执行联网查询；实际记录数由在线数据库决定。
expression NCBI Entrez <返回记录数>

2) 分页查询 cBioPortal 肿瘤研究目录

  • 作用： 分页查询 cBioPortal 肿瘤研究目录。
  • 处理方法： 通过 CBioPortal 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.c_bio_portal_get_cancer_studies(*, limit=None, offset=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 studyId, name, description, cancerTypeId 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.c_bio_portal_get_cancer_studies(
    limit=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "studyId": "<string>",
    "name": "<string>",
    "description": "<string>",
    "cancerTypeId": "<string>",
    "publicStudy": "<boolean>",
    "pmid": "<string>",
    "citation": "<string>",
    "groups": [
      "<value>"
    ]
  }
]

完整参数与使用说明

3) 按 Entrez 编号查询肿瘤数据库基因信息

  • 作用： 按 Entrez 编号查询肿瘤数据库基因信息。
  • 处理方法： 通过 CBioPortal 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.c_bio_portal_get_gene_info(*, entrez_gene_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 entrez_gene_id。
  • 输出： 返回字典，包含 entrezGeneId, hugoGeneSymbol, type, cytoband 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.c_bio_portal_get_gene_info(
    entrez_gene_id=672,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "entrezGeneId": "<integer>",
  "hugoGeneSymbol": "<string>",
  "type": "<string>",
  "cytoband": "<string>",
  "length": "<integer>"
}

完整参数与使用说明

4) 查询肿瘤研究的分子数据类型

  • 作用： 查询肿瘤研究的分子数据类型。
  • 处理方法： 通过 CBioPortal 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.c_bio_portal_get_molecular_profiles(*, study_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 study_id。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 molecularProfileId, molecularAlterationType, datatype, name 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.c_bio_portal_get_molecular_profiles(
    study_id='brca_tcga',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "molecularProfileId": "<string>",
    "molecularAlterationType": "<string>",
    "datatype": "<string>",
    "name": "<string>",
    "description": "<string>",
    "showProfileInAnalysisTab": "<boolean>"
  }
]

完整参数与使用说明

5) 查询肿瘤研究中指定基因的突变

  • 作用： 查询肿瘤研究中指定基因的突变。
  • 处理方法： 通过 CBioPortal 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.c_bio_portal_get_mutations(*, study_id, gene_list, sample_list_id=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 study_id, gene_list。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 molecularProfileId, sampleId, patientId, studyId 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.c_bio_portal_get_mutations(
    study_id='brca_tcga',
    gene_list='BRCA2',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "molecularProfileId": "<string>",
    "sampleId": "<string>",
    "patientId": "<string>",
    "studyId": "<string>",
    "entrezGeneId": "<integer>",
    "gene": {
      "entrezGeneId": "<integer>",
      "hugoGeneSymbol": "<string>",
      "type": "<string>"
    },
    "mutationType": "<string>",
    "proteinChange": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

6) 查询肿瘤研究的样本集合

  • 作用： 查询肿瘤研究的样本集合。
  • 处理方法： 通过 CBioPortal 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.c_bio_portal_get_samples(*, study_id, page_size=None, page_number=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 study_id。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 sampleId, sampleType, patientId, studyId 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.c_bio_portal_get_samples(
    study_id='brca_tcga',
    page_size=10,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "sampleId": "<string>",
    "sampleType": "<string>",
    "patientId": "<string>",
    "studyId": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

7) 获取 CELLxGENE 原始 H5AD 数据文件

  • 作用： 获取 CELLxGENE 原始 H5AD 数据文件。
  • 处理方法： 通过 CELLxGENE Census 定位数据集，下载对应的 H5AD 文件。
  • API： dnakit.databases.cellx_gene_download_h5ad(*, operation=None, dataset_id, output_path=None, census_version=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 dataset_id。 需安装 cellxgene-census。 运行前准备示例涉及的本地文件与外部程序，并将路径替换为自己的输入或输出位置。
  • 输出： 返回字典，包含 dataset_id, output_path, uri, message 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.cellx_gene_download_h5ad(
    operation='download_h5ad',
    dataset_id='4eb29386-de81-452f-b3c0-e00844e8c7fd',
    census_version='stable',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "dataset_id": "<string>",
  "output_path": "<string>",
  "uri": "<string>",
  "message": "<string>"
}

完整参数与使用说明

8) 按筛选条件查询单细胞元数据

  • 作用： 按筛选条件查询单细胞元数据。
  • 处理方法： 通过 CELLxGENECensus 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.cellx_gene_get_cell_metadata(*, operation=None, organism=None, obs_value_filter=None, column_names=None, census_version=None, gene=None, tissue=None, max_cells=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。 需安装 cellxgene-census。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 cell_type, tissue_general, disease, assay 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.cellx_gene_get_cell_metadata(
    operation='get_obs_metadata',
    organism='Homo sapiens',
    obs_value_filter="tissue_general == 'brain' and disease == 'normal'",
    census_version='stable',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "cell_type": "<string>",
    "tissue_general": "<string>",
    "disease": "<string>",
    "assay": "<string>",
    "sex": "<string>",
    "donor_id": "<string>",
    "dataset_id": "<string>",
    "soma_joinid": "<integer>"
  }
]

完整参数与使用说明

9) 获取预计算的单细胞嵌入表示

  • 作用： 获取预计算的单细胞嵌入表示。
  • 处理方法： 通过 CELLxGENECensus 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.cellx_gene_get_embeddings(*, operation=None, organism=None, embedding_name=None, census_version=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。 需安装 cellxgene-census。
  • 输出： 返回字典，包含 message, organism, embedding_name, available 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.cellx_gene_get_embeddings(
    operation='get_embeddings',
    organism='Homo sapiens',
    census_version='stable',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "message": "<string>",
  "organism": "<string>",
  "embedding_name": "<string>",
  "available": "<boolean>",
  "shape": [
    "<value>"
  ],
  "available_embeddings": "<object>"
}

完整参数与使用说明

10) 按细胞与基因条件查询表达矩阵

  • 作用： 按细胞与基因条件查询表达矩阵。
  • 处理方法： 通过 CELLxGENECensus 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.cellx_gene_get_expression_data(*, operation=None, organism=None, obs_value_filter=None, var_value_filter=None, obs_column_names=None, var_column_names=None, census_version=None, gene=None, tissue=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。 需安装 cellxgene-census。
  • 输出： 返回字典，包含 n_obs, n_vars, obs_columns, var_columns 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.cellx_gene_get_expression_data(
    operation='get_anndata',
    organism='Homo sapiens',
    obs_value_filter="tissue_general == 'brain' and disease == 'normal'",
    var_value_filter="feature_name in ['SOX2', 'GFAP', 'OLIG2']",
    census_version='stable',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "n_obs": "<integer>",
  "n_vars": "<integer>",
  "obs_columns": [
    "<value>"
  ],
  "var_columns": [
    "<value>"
  ],
  "message": "<string>"
}

完整参数与使用说明

11) 生成 ChIP-Atlas 富集任务提交说明

  • 作用： 根据 BED、motif 或基因列表生成 ChIP-Atlas 富集任务的提交说明；本函数不计算富集统计量。
  • 处理方法： 通过 ChIPAtlas 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.ch_ipatlas_enrichment_analysis(*, operation=None, bed_data=None, motif=None, gene_list=None, genome=None, antigen_class=None, cell_type_class=None, threshold=None, distance=None, gene=None, cell_type=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 字典包含 status=requires_submission、analysis_completed=False 和任务提交说明；本次调用尚未完成富集检验。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.ch_ipatlas_enrichment_analysis(
    operation='enrichment_analysis',
    gene_list=['TP53', 'MDM2', 'CDKN1A'],
    genome='hg38',
    distance='5000',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 字典包含 status=requires_submission、analysis_completed=False 和任务提交说明；本次调用尚未完成富集检验。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "message": "<string>",
  "genes": [
    "<string>"
  ],
  "distance_from_tss": "<string>",
  "url": "<string>",
  "note": "<string>"
}

完整参数与使用说明

12) 检索 ChIP-Atlas 实验元数据

  • 作用： 检索 ChIP-Atlas 实验元数据。
  • 处理方法： 通过 ChIPAtlas 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.ch_ipatlas_get_experiments(*, operation=None, genome=None, antigen=None, cell_type=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 message, metadata_file_url, web_search_url, file_size 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.ch_ipatlas_get_experiments(
    operation='get_experiment_list',
    genome='hg38',
    antigen='CTCF',
    limit=10,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "message": "<string>",
  "metadata_file_url": "<string>",
  "web_search_url": "<string>",
  "file_size": "<string>",
  "total_experiments": "<string>",
  "filters_requested": "<object>",
  "recommendation": "<string>"
}

完整参数与使用说明

13) 查询 ChIP-Atlas 峰资源与本地区间重叠

  • 作用： 查询 ChIP-Atlas 实验峰数据入口；gene 模式先定位 GRCh38 基因区域，提供 peak_file 后计算 BED 重叠，否则返回数据获取计划。
  • 处理方法： 通过 ChIPAtlas 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.ch_ipatlas_get_peak_data(*, operation=None, experiment_id=None, genome=None, format=None, threshold=None, gene=None, experiment_type=None, limit=None, peak_file=None, flank_bp=None, max_file_bytes=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 experiment_id, genome, format, url 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.ch_ipatlas_get_peak_data(
    operation='get_peak_data',
    experiment_id='SRX097088',
    genome='hg19',
    format='bigwig',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "experiment_id": "<string>",
  "genome": "<string>",
  "format": "<string>",
  "url": "<string>",
  "message": "<string>"
}

完整参数与使用说明

14) 按抗原或细胞类型检索 ChIP-Atlas 数据集

  • 作用： 按抗原或细胞类型检索 ChIP-Atlas 数据集。
  • 处理方法： 通过 ChIPAtlas 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.ch_ipatlas_search_datasets(*, operation=None, antigen=None, cell_type=None, genome=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 search_key, search_value, genome, num_results 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.ch_ipatlas_search_datasets(
    operation='search_datasets',
    antigen='CTCF',
    genome='hg38',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "search_key": "<string>",
  "search_value": "<string>",
  "genome": "<string>",
  "num_results": "<integer>",
  "results": [
    {
      "genome": "<string>",
      "class": "<string>",
      "name": "<string>",
      "num_experiments": "<string>",
      "experiment_ids": "<array>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

15) 查询 CRISPR 筛选的基因依赖信息

  • 作用： 查询 CRISPR 筛选的基因依赖信息。
  • 处理方法： 通过 DepMap 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.dep_map_get_gene_dependencies(*, gene_symbol, model_id=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_symbol。
  • 输出： 返回字典，包含 status, data, error 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.dep_map_get_gene_dependencies(
    gene_symbol='EGFR',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "status": "<string>",
  "data": {
    "gene_symbol": "<string>",
    "genes": [
      "<value>"
    ]
  },
  "error": "<string>"
}

完整参数与使用说明

16) 按名称检索肿瘤细胞系

  • 作用： 按名称检索肿瘤细胞系。
  • 处理方法： 通过 DepMap 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.dep_map_search_cell_lines(*, query, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 query。
  • 输出： 返回字典，包含 status, data, error 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.dep_map_search_cell_lines(
    query='A549',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "status": "<string>",
  "data": {
    "query": "<string>",
    "cell_lines": [
      "<value>"
    ],
    "count": "<integer>"
  },
  "error": "<string>"
}

完整参数与使用说明

17) 查询 eQTL 数据集中的变异表达关联

  • 作用： 查询 eQTL 数据集中的变异表达关联。
  • 处理方法： 通过 Base 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.e_qtl_get_associations(*, dataset_id, size=None, gene_id=None, variant=None, molecular_trait_id=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 dataset_id。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 molecular_trait_id, gene_id, variant, rsid 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.e_qtl_get_associations(
    dataset_id='QTD000001',
    size=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "molecular_trait_id": "<string>",
    "gene_id": "<string>",
    "variant": "<string>",
    "rsid": "<string>",
    "chromosome": "<string>",
    "position": "<integer>",
    "ref": "<string>",
    "alt": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

18) 列出可用的 eQTL 研究与组织数据集

  • 作用： 列出可用的 eQTL 研究与组织数据集。
  • 处理方法： 通过 Base 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.e_qtl_list_datasets(*, size=None, quant_method=None, tissue_id=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 dataset_id, study_id, study_label, quant_method 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.e_qtl_list_datasets(
    size=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "dataset_id": "<string>",
    "study_id": "<string>",
    "study_label": "<string>",
    "quant_method": "<string>",
    "tissue_id": "<string>",
    "tissue_label": "<string>",
    "condition_label": "<string>",
    "sample_size": "<integer>"
  }
]

完整参数与使用说明

19) 查询 ENCODE 生物样本完整元数据

  • 作用： 查询 ENCODE 生物样本完整元数据。
  • 处理方法： 通过 ENCODE 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.encode_get_biosample(*, accession, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 accession。
  • 输出： 返回字典，包含 accession, url, aliases, schema_version 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.encode_get_biosample(
    accession='ENCBS000AAA',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "accession": "<string>",
  "url": "<string>",
  "aliases": [
    "<string>"
  ],
  "schema_version": "<string>",
  "status": "<string>",
  "lab": "<string>",
  "award": "<string>",
  "date_created": "<string>"
}

完整参数与使用说明

20) 检索染色质状态分割注释

  • 作用： 检索染色质状态分割注释。
  • 处理方法： 通过 Epigenomics 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.encode_get_chromatin_state(*, biosample_term_name=None, organism=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 total, annotations 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.encode_get_chromatin_state(
    biosample_term_name='K562',
    organism='Homo sapiens',
    limit=3,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "total": "<integer>",
  "annotations": [
    {
      "accession": "<string>",
      "annotation_type": "<string>",
      "description": "<string>",
      "biosample_summary": "<string>",
      "status": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

21) 查询 ENCODE 实验元数据与分析信息

  • 作用： 查询 ENCODE 实验元数据与分析信息。
  • 处理方法： 通过 ENCODE 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.encode_get_experiment(*, accession, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 accession。
  • 输出： 返回字典，包含 assay_term_name, biosample_ontology, documents, references 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.encode_get_experiment(
    accession='ENCSR000AKS',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "assay_term_name": "<string>",
  "biosample_ontology": "<string>",
  "documents": [
    "<value>"
  ],
  "references": [
    "<string>"
  ],
  "schema_version": "<string>",
  "accession": "<string>",
  "alternate_accessions": [
    "<value>"
  ],
  "analyses": [
    "<string>"
  ]
}

完整参数与使用说明

22) 按格式与实验类型列出 ENCODE 文件

  • 作用： 按格式与实验类型列出 ENCODE 文件。
  • 处理方法： 通过 ENCODEFiles 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.encode_list_files(*, file_type=None, assay_title=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 @graph, @type, all, notification 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.encode_list_files(
    file_type='fastq',
    limit=1,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "@graph": [
    {
      "@id": "<string>",
      "@type": "<array>",
      "accession": "<string>",
      "assay_term_name": "<string>",
      "award": "<object>",
      "biological_replicates": "<array>",
      "biosample_ontology": "<object>",
      "dataset": "<string>"
    }
  ],
  "@type": [
    "<string>"
  ],
  "all": "<string>",
  "notification": "<string>",
  "title": "<string>",
  "total": "<integer>"
}

完整参数与使用说明

23) 检索顺式调控元件与表观组注释

  • 作用： 检索顺式调控元件与表观组注释。
  • 处理方法： 通过 Epigenomics 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.encode_search_annotations(*, annotation_type=None, biosample_term_name=None, organism=None, assembly=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 total, annotations 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.encode_search_annotations(
    annotation_type='candidate Cis-Regulatory Elements',
    organism='Homo sapiens',
    limit=3,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "total": "<integer>",
  "annotations": [
    {
      "accession": "<string>",
      "annotation_type": "<string>",
      "description": "<string>",
      "biosample_summary": "<string>",
      "status": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

24) 按物种与处理条件检索 ENCODE 样本

  • 作用： 按物种与处理条件检索 ENCODE 样本。
  • 处理方法： 通过 ENCODESearchBiosamples 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.encode_search_biosamples(*, organism=None, biosample_type=None, treatment=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 @graph, @type, notification, title 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.encode_search_biosamples(
    organism='Homo sapiens',
    limit=1,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "@graph": [
    {
      "@id": "<string>",
      "@type": "<array>",
      "accession": "<string>",
      "age": "<string>",
      "applied_modifications": "<array>",
      "biosample_ontology": "<object>",
      "lab": "<object>",
      "life_stage": "<string>"
    }
  ],
  "@type": [
    "<string>"
  ],
  "notification": "<string>",
  "title": "<string>",
  "total": "<integer>",
  "all": "<string>"
}

完整参数与使用说明

25) 检索 ATAC-seq 与 DNase-seq 实验

  • 作用： 检索 ATAC-seq 与 DNase-seq 实验。
  • 处理方法： 通过 Epigenomics 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.encode_search_chromatin_accessibility(*, assay_type=None, biosample_term_name=None, organism=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 total, experiments 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.encode_search_chromatin_accessibility(
    assay_type='ATAC-seq',
    organism='Homo sapiens',
    limit=3,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "total": "<integer>",
  "experiments": [
    {
      "accession": "<string>",
      "assay_title": "<string>",
      "biosample_summary": "<string>",
      "status": "<string>",
      "lab": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

26) 通过数据库模块检索 ENCODE 实验

  • 作用： 通过数据库模块检索 ENCODE 实验。
  • 处理方法： 通过 ENCODESearch 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.encode_search_experiments(*, assay_title=None, target=None, organism=None, status=None, limit=None, biosample=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回 ENCODE 实验搜索结果；普通查询在 data 中保留响应，biosample 查询返回解析后的 ENCODE 搜索结果。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.encode_search_experiments(
    assay_title='ATAC-seq',
    organism='Homo sapiens',
    limit=3,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回 ENCODE 实验搜索结果；普通查询在 data 中保留响应，biosample 查询返回解析后的 ENCODE 搜索结果。

完整参数与使用说明

27) 按组蛋白修饰检索 ChIP-seq 实验

  • 作用： 按组蛋白修饰检索 ChIP-seq 实验。
  • 处理方法： 通过 Epigenomics 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.encode_search_histone_experiments(*, histone_mark=None, target=None, biosample_term_name=None, biosample=None, organism=None, limit=None, biosample_term=None, cell_type=None, tissue=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 total, experiments 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.encode_search_histone_experiments(
    histone_mark='H3K27ac',
    organism='Homo sapiens',
    limit=3,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "total": "<integer>",
  "experiments": [
    {
      "accession": "<string>",
      "histone_mark": "<string>",
      "biosample_summary": "<string>",
      "status": "<string>",
      "lab": "<string>",
      "date_released": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

28) 按样本与实验类型检索 ENCODE RNA-seq

  • 作用： 按样本与实验类型检索 ENCODE RNA-seq。
  • 处理方法： 通过 Epigenomics 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.encode_search_rnaseq_experiments(*, biosample_term_name=None, biosample=None, cell_type=None, tissue=None, organism=None, assay_type=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 total, experiments 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.encode_search_rnaseq_experiments(
    biosample_term_name='K562',
    assay_type='total RNA-seq',
    limit=3,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "total": "<integer>",
  "experiments": [
    {
      "accession": "<string>",
      "assay_title": "<string>",
      "biosample_summary": "<string>",
      "status": "<string>",
      "lab": "<string>",
      "date_released": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

29) 检索差异表达实验的项目记录

  • 作用： 检索差异表达实验的项目记录。
  • 处理方法： 通过 ExpressionAtlas 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.expression_atlas_search_differential(*, gene=None, condition=None, species=None, limit=None, offset=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 gene, condition, species, experiments 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.expression_atlas_search_differential(
    gene='TP53',
    species='homo sapiens',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "gene": "<string>",
  "condition": "<string>",
  "species": "<string>",
  "experiments": [
    {
      "experiment_accession": "<string>",
      "experiment_type": "<string>",
      "experiment_description": "<string>",
      "species": "<string>",
      "num_assays": "<integer>",
      "gene_mentioned": "<boolean>",
      "factors": "<array>"
    }
  ],
  "experiment_count": "<integer>"
}

完整参数与使用说明

30) 检索基线与差异表达实验

  • 作用： 检索基线与差异表达实验。
  • 处理方法： 通过 ExpressionAtlas 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.expression_atlas_search_experiments(*, gene=None, condition=None, species=None, limit=None, offset=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 gene, condition, species, experiments 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.expression_atlas_search_experiments(
    gene='TP53',
    species='homo sapiens',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "gene": "<string>",
  "condition": "<string>",
  "species": "<string>",
  "experiments": [
    {
      "experiment_accession": "<string>",
      "experiment_type": "<string>",
      "experiment_description": "<string>",
      "species": "<string>",
      "num_assays": "<integer>",
      "gene_mentioned": "<boolean>"
    }
  ],
  "total_count": "<integer>",
  "gene_specific_count": "<integer>"
}

完整参数与使用说明

31) 检索 Hi-C 与染色质构象数据

  • 作用： 检索 Hi-C 与染色质构象数据。
  • 处理方法： 通过 FourDN 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.four_dn_search_data(*, operation=None, query=None, item_type=None, file_type=None, assay_title=None, biosource_name=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 status, num_results, total, results 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.four_dn_search_data(
    operation='search',
    query='Hi-C',
    item_type='File',
    limit=10,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "status": "<string>",
  "num_results": "<integer>",
  "total": "<integer>",
  "results": [
    "<value>"
  ],
  "search_url": "<string>",
  "error": "<string>"
}

完整参数与使用说明

32) 查询 GDC 肿瘤病例的临床资料

  • 作用： 查询 GDC 肿瘤病例的临床资料。
  • 处理方法： 通过 GDCClinicalData 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gdc_get_clinical_data(*, project_id=None, primary_site=None, disease_type=None, vital_status=None, gender=None, size=None, offset=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： data.cases 包含病例、诊断和治疗记录，data.pagination 包含分页信息。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gdc_get_clinical_data(
    project_id='TCGA-BRCA',
    size=3,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： data.cases 包含病例、诊断和治疗记录，data.pagination 包含分页信息。

完整参数与使用说明

33) 查询基因在泛癌队列中的突变频率

  • 作用： 查询基因在泛癌队列中的突变频率。
  • 处理方法： 通过 GDCMutationFrequency 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gdc_get_mutation_frequency(*, gene_symbol=None, gene=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 status, source, gene, data 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gdc_get_mutation_frequency(
    gene_symbol='TP53',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "status": "success",
  "source": "GDC",
  "gene": "<str>",
  "data": {
    "gene_info": "<dict>",
    "total_ssm_occurrences": "<int>",
    "is_cancer_gene_census": "<bool | None>"
  }
}

完整参数与使用说明

34) 按基因查询 GDC 体细胞突变

  • 作用： 按基因查询 GDC 体细胞突变。
  • 处理方法： 通过 GDCSSM 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gdc_get_ssm_by_gene(*, gene_symbol, project_id=None, size=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_symbol。
  • 输出： data 包含 GDC 体细胞变异记录，gene 标明查询基因。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gdc_get_ssm_by_gene(
    gene_symbol='TP53',
    project_id='TCGA-BRCA',
    size=3,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： data 包含 GDC 体细胞变异记录，gene 标明查询基因。

完整参数与使用说明

35) 查询肿瘤队列的生存与删失数据

  • 作用： 查询肿瘤队列的生存与删失数据。
  • 处理方法： 通过 GDCSurvival 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gdc_get_survival(*, project_id, gene_symbol=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 project_id。
  • 输出： data 包含供体随访时间、删失状态、生存估计和队列汇总；donors 最多展示 50 条。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gdc_get_survival(
    project_id='TCGA-BRCA',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： data 包含供体随访时间、删失状态、生存估计和队列汇总；donors 最多展示 50 条。

完整参数与使用说明

36) 按数据类型列出 GDC 文件

  • 作用： 按数据类型列出 GDC 文件。
  • 处理方法： 通过 GDCFiles 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gdc_list_files(*, data_type=None, size=None, offset=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： data 中保留 GDC 文件列表及分页响应，记录含文件标识与元数据。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gdc_list_files(
    data_type='Gene Expression Quantification',
    size=3,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： data 中保留 GDC 文件列表及分页响应，记录含文件标识与元数据。

完整参数与使用说明

37) 列出 GDC 肿瘤项目与汇总信息

  • 作用： 列出 GDC 肿瘤项目与汇总信息。
  • 处理方法： 通过 GDCProjects 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gdc_list_projects(*, program=None, size=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： data 中保留 GDC 项目列表及项目统计。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gdc_list_projects(
    program='TCGA',
    size=3,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： data 中保留 GDC 项目列表及项目统计。

完整参数与使用说明

38) 按筛选条件检索 GDC 肿瘤病例

  • 作用： 按筛选条件检索 GDC 肿瘤病例。
  • 处理方法： 通过 GDCCases 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gdc_search_cases(*, project_id=None, size=None, offset=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： data 中保留 GDC 病例查询响应及分页信息。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gdc_search_cases(
    project_id='TCGA-BRCA',
    size=3,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： data 中保留 GDC 病例查询响应及分页信息。

完整参数与使用说明

39) 检索 GEO 染色质可及性数据集

  • 作用： 检索 GEO 染色质可及性数据集。
  • 处理方法： 通过 Epigenomics 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.geo_search_atacseq_datasets(*, query=None, organism=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 total, datasets 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.geo_search_atacseq_datasets(
    query='T cell differentiation',
    organism='Homo sapiens',
    limit=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "total": "<integer>",
  "datasets": [
    {
      "accession": "<string>",
      "title": "<string>",
      "summary": "<string>",
      "organism": "<string>",
      "n_samples": "<integer>",
      "date_published": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

40) 检索 GEO 蛋白质 DNA 结合数据集

  • 作用： 检索 GEO 蛋白质 DNA 结合数据集。
  • 处理方法： 通过 Epigenomics 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.geo_search_chipseq_datasets(*, query, organism=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 query。
  • 输出： 返回字典，包含 total, datasets 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.geo_search_chipseq_datasets(
    query='H3K27ac liver',
    organism='Homo sapiens',
    limit=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "total": "<integer>",
  "datasets": [
    {
      "accession": "<string>",
      "title": "<string>",
      "summary": "<string>",
      "organism": "<string>",
      "n_samples": "<integer>",
      "date_published": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

41) 检索 GEO 转录组表达数据集

  • 作用： 检索 GEO 转录组表达数据集。
  • 处理方法： 通过 Epigenomics 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.geo_search_rnaseq_datasets(*, query=None, organism=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 total, datasets 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.geo_search_rnaseq_datasets(
    query='breast cancer BRCA1',
    organism='Homo sapiens',
    limit=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "total": "<integer>",
  "datasets": [
    {
      "accession": "<string>",
      "title": "<string>",
      "summary": "<string>",
      "organism": "<string>",
      "n_samples": "<integer>",
      "date_published": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

42) 计算指定组织中基因与变异的 eQTL 关联

  • 作用： 计算指定组织中基因与变异的 eQTL 关联。
  • 处理方法： 通过 GTExV2 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gtex_calculate_eqtl(*, operation=None, gencode_id, variant_id, tissue_site_detail_id, dataset_id=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gencode_id, variant_id, tissue_site_detail_id。
  • 输出： 返回字典，包含 data, error, gencodeId, geneSymbol 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gtex_calculate_eqtl(
    operation='calculate_eqtl',
    gencode_id='ENSG00000227232.5',
    variant_id='chr1_64764_C_T_b38',
    tissue_site_detail_id='Whole_Blood',
    dataset_id='gtex_v8',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "data": [
    "<number>"
  ],
  "error": "<number>",
  "gencodeId": "<string>",
  "geneSymbol": "<string>",
  "genotypes": [
    "<integer>"
  ],
  "hetCount": "<integer>",
  "homoAltCount": "<integer>",
  "homoRefCount": "<integer>"
}

完整参数与使用说明

43) 查询基因的 GTEx 表达摘要

  • 作用： 查询基因的 GTEx 表达摘要。
  • 处理方法： 通过 GTExExpression 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gtex_get_expression_summary(*, gene_symbol=None, ensembl_gene_id=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回解析到的基因标识及组织表达数据；无表达记录时会附 note。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gtex_get_expression_summary(
    gene_symbol='TP53',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回解析到的基因标识及组织表达数据；无表达记录时会附 note。

完整参数与使用说明

44) 查询基因在不同组织中的表达中位数

  • 作用： 查询基因在不同组织中的表达中位数。
  • 处理方法： 通过 GTExV2 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gtex_get_median_gene_expression(*, operation=None, gencode_id=None, tissue_site_detail_id=None, dataset_id=None, page=None, items_per_page=None, gene_symbol=None, gene=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 median, tissueSiteDetailId, ontologyId, datasetId 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gtex_get_median_gene_expression(
    operation='get_median_gene_expression',
    gencode_id='ENSG00000141510.18',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "median": "<number>",
    "tissueSiteDetailId": "<string>",
    "ontologyId": "<string>",
    "datasetId": "<string>",
    "gencodeId": "<string>",
    "geneSymbol": "<string>",
    "unit": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

45) 查询跨组织 eQTL 荟萃分析结果

  • 作用： 查询跨组织 eQTL 荟萃分析结果。
  • 处理方法： 通过 GTExV2 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gtex_get_multi_tissue_eqtls(*, operation=None, gencode_id, variant_id=None, dataset_id=None, page=None, items_per_page=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gencode_id。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 gencodeId, datasetId, metaP, variantId 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gtex_get_multi_tissue_eqtls(
    operation='get_multi_tissue_eqtls',
    gencode_id='ENSG00000141510.16',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "gencodeId": "<string>",
    "datasetId": "<string>",
    "metaP": "<number>",
    "variantId": "<string>",
    "tissues": {
      "Thyroid": "<object>",
      "Testis": "<object>",
      "Small_Intestine_Terminal_Ileum": "<object>",
      "Brain_Frontal_Cortex_BA9": "<object>",
      "Skin_Not_Sun_Exposed_Suprapubic": "<object>",
      "Vagina": "<object>",
      "Whole_Blood": "<object>",
      "Breast_Mammary_Tissue": "<object>"
    }
  }
]

完整参数与使用说明

46) 查询显著的单组织 eQTL 关联

  • 作用： 查询显著的单组织 eQTL 关联。
  • 处理方法： 通过 GTExV2 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gtex_get_single_tissue_eqtls(*, operation=None, gencode_id=None, variant_id=None, tissue_site_detail_id=None, dataset_id=None, page=None, items_per_page=None, gene_symbol=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 snpId, pos, snpIdUpper, variantId 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gtex_get_single_tissue_eqtls(
    operation='get_single_tissue_eqtls',
    gencode_id=['ENSG00000227232.5'],
    tissue_site_detail_id=['Whole_Blood'],
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "snpId": "<string>",
    "pos": "<integer>",
    "snpIdUpper": "<string>",
    "variantId": "<string>",
    "geneSymbol": "<string>",
    "pValue": "<number>",
    "geneSymbolUpper": "<string>",
    "datasetId": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

47) 列出 GTEx 组织类型与样本统计

  • 作用： 列出 GTEx 组织类型与样本统计。
  • 处理方法： 通过 GTExV2 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gtex_get_tissue_sites(*, operation=None, dataset_id=None, page=None, items_per_page=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 tissueSiteDetailId, colorHex, colorRgb, datasetId 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gtex_get_tissue_sites(
    operation='get_tissue_sites',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "tissueSiteDetailId": "<string>",
    "colorHex": "<string>",
    "colorRgb": "<string>",
    "datasetId": "<string>",
    "eGeneCount": "<integer>",
    "expressedGeneCount": "<integer>",
    "hasEGenes": "<boolean>",
    "hasSGenes": "<boolean>"
  }
]

完整参数与使用说明

48) 按条件查询 GTEx 单组织 eQTL

  • 作用： 按条件查询 GTEx 单组织 eQTL。
  • 处理方法： 通过 GTExEQTL 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.gtex_query_eqtl(*, gene_symbol=None, ensembl_gene_id=None, page=None, size=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： data.singleTissueEqtl 包含单组织 eQTL 记录，metadata 记录查询来源与条件。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.gtex_query_eqtl(
    gene_symbol='TP53',
    size=3,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： data.singleTissueEqtl 包含单组织 eQTL 记录，metadata 记录查询来源与条件。

完整参数与使用说明

49) 汇总多组学数据中的基因信息

  • 作用： 汇总多组学数据中的基因信息。
  • 处理方法： 通过 Harmonizome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.harmonizome_get_gene(*, gene_symbol, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_symbol。
  • 输出： 返回字典，包含 symbol, name, ncbi_entrez_gene_id, ncbi_entrez_gene_url 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.harmonizome_get_gene(
    gene_symbol='TP53',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "symbol": "<string>",
  "name": "<string>",
  "ncbi_entrez_gene_id": "<integer>",
  "ncbi_entrez_gene_url": "<string>",
  "description": "<string>",
  "synonyms": [
    "<string>"
  ],
  "proteins": [
    {
      "symbol": "<string>",
      "href": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

50) 查询基因表达与肿瘤生存的关联

  • 作用： 查询基因表达与肿瘤生存的关联。
  • 处理方法： 通过 HPAGetCancerPrognostics 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.hpa_get_cancer_prognostics_by_gene(*, ensembl_id=None, gene_name=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 ensembl_id, gene, gene_synonym, cancers_assessed_count 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.hpa_get_cancer_prognostics_by_gene(
    ensembl_id='ENSG00000141510',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "ensembl_id": "<string>",
  "gene": "<string>",
  "gene_synonym": [
    "<string>"
  ],
  "cancers_assessed_count": "<integer>",
  "prognostic_cancers_count": "<integer>",
  "non_prognostic_cancers_count": "<integer>",
  "prognostic_summary": [
    {
      "cancer_type": "<string>",
      "prognostic_type": "<string>",
      "p_value": "<string>",
      "is_prognostic": "<boolean>"
    }
  ],
  "non_prognostic_summary": [
    {
      "cancer_type": "<string>",
      "prognostic_type": "<string>",
      "p_value": "<string>",
      "is_prognostic": "<boolean>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

51) 查看已停用的 HPA 蛋白互作查询

  • 作用： 查看已停用的 HPA 蛋白互作查询。
  • 处理方法： 通过 HPAGetProteinInteractions 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.hpa_get_protein_interactions_by_gene(*, gene_name, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_name。 该数据源入口当前不可用，调用会返回错误；以下代码仅说明调用形式。
  • 输出： 此入口当前报告服务不可用，不返回有效互作结果。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.hpa_get_protein_interactions_by_gene(
    gene_name='TP53',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 此入口当前报告服务不可用，不返回有效互作结果。

完整参数与使用说明

52) 按组织或细胞来源查询 RNA 表达

  • 作用： 按组织或细胞来源查询 RNA 表达。
  • 处理方法： 通过 HPAGetRnaExpressionBySource 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.hpa_get_rna_expression_by_source(*, gene_name, source_type, source_name, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_name, source_type, source_name。
  • 输出： 返回字典，包含 error 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.hpa_get_rna_expression_by_source(
    gene_name='TP53',
    source_type='tissue',
    source_name='liver',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "error": "<string>"
}

完整参数与使用说明

53) 查询基因在指定组织中的 RNA 表达

  • 作用： 查询基因在指定组织中的 RNA 表达。
  • 处理方法： 通过 HPAGetRnaExpressionByTissue 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.hpa_get_rna_expression_in_specific_tissues(*, ensembl_id=None, tissue_names=None, tissues=None, gene_name=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 error 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.hpa_get_rna_expression_in_specific_tissues(
    ensembl_id='ENSG00000254647',
    tissue_names=['pancreas'],
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "error": "<string>"
}

完整参数与使用说明

54) 查询蛋白质亚细胞定位注释

  • 作用： 查询蛋白质亚细胞定位注释。
  • 处理方法： 通过 HPAGetSubcellularLocation 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.hpa_get_subcellular_location(*, gene_name, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_name。
  • 输出： 返回字典，包含 gene_name, gene_synonym, main_locations, additional_locations 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.hpa_get_subcellular_location(
    gene_name='TP53',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "gene_name": "<string>",
  "gene_synonym": [
    "<string>"
  ],
  "main_locations": [
    "<string>"
  ],
  "additional_locations": [
    "<string>"
  ],
  "total_locations": "<integer>",
  "location_summary": "<string>"
}

完整参数与使用说明

55) 检索 HPA 基因与 Ensembl 标识

  • 作用： 检索 HPA 基因与 Ensembl 标识。
  • 处理方法： 通过 HPASearchGenes 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.hpa_search_genes_by_query(*, search_query, max_results=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 search_query。
  • 输出： 返回字典，包含 error 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.hpa_search_genes_by_query(
    search_query='TP53',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "error": "<string>"
}

完整参数与使用说明

56) 获取转录因子结合矩阵与元数据

  • 作用： 获取转录因子结合矩阵与元数据。
  • 处理方法： 通过 JASPAR 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.jaspar_get_matrix(*, matrix_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 matrix_id。
  • 输出： 返回字典，包含 matrix_id, base_id, name, collection 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.jaspar_get_matrix(
    matrix_id='MA0002.2',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "matrix_id": "<string>",
  "base_id": "<string>",
  "name": "<string>",
  "collection": "<string>",
  "version": "<string>",
  "pfm": {
    "A": [
      "<number>"
    ],
    "C": [
      "<number>"
    ],
    "G": [
      "<number>"
    ],
    "T": [
      "<number>"
    ]
  },
  "tax_group": "<string>",
  "species": [
    {
      "tax_id": "<integer>",
      "name": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

57) 列出 JASPAR 结合矩阵的历史版本

  • 作用： 列出 JASPAR 结合矩阵的历史版本。
  • 处理方法： 通过 JASPAR 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.jaspar_get_matrix_versions(*, base_id, page=None, page_size=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 base_id。
  • 输出： 返回字典，包含 count, next, previous, results 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.jaspar_get_matrix_versions(
    base_id='MA0002',
    page=1,
    page_size=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "count": "<integer>",
  "next": "<string>",
  "previous": "<string>",
  "results": [
    {
      "matrix_id": "<string>",
      "base_id": "<string>",
      "name": "<string>",
      "collection": "<string>",
      "version": "<string>",
      "url": "<string>",
      "sequence_logo": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

58) 分页列出 JASPAR 转录因子结合谱

  • 作用： 分页列出 JASPAR 转录因子结合谱。
  • 处理方法： 通过 JASPAR 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.jaspar_get_transcription_factors(*, collection=None, page=None, page_size=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 count, next, previous, results 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.jaspar_get_transcription_factors(
    collection='CORE',
    page=1,
    page_size=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "count": "<integer>",
  "next": "<string>",
  "previous": "<string>",
  "results": [
    {
      "matrix_id": "<string>",
      "base_id": "<string>",
      "name": "<string>",
      "collection": "<string>",
      "version": "<string>",
      "url": "<string>",
      "sequence_logo": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

59) 按名称、物种或分类检索结合矩阵

  • 作用： 按名称、物种或分类检索结合矩阵。
  • 处理方法： 通过 JASPAR 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.jaspar_search_matrices(*, search=None, name=None, collection=None, tax_group=None, species=None, page=None, page_size=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 count, next, previous, results 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.jaspar_search_matrices(
    search='CTCF',
    page=1,
    page_size=3,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "count": "<integer>",
  "next": "<string>",
  "previous": "<string>",
  "results": [
    {
      "matrix_id": "<string>",
      "base_id": "<string>",
      "name": "<string>",
      "collection": "<string>",
      "version": "<string>",
      "url": "<string>",
      "sequence_logo": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

60) 查询基因与细胞类型对应的转录因子结合位点

  • 作用： 查询基因与细胞类型对应的转录因子结合位点。
  • 处理方法： 通过 ReMap 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.re_map_get_transcription_factor_binding(*, gene_name, cell_type=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 gene_name。
  • 输出： 返回字典，包含 experiments, gene_name, cell_type, count 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.re_map_get_transcription_factor_binding(
    gene_name='BRCA1',
    cell_type='HepG2',
    limit=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "experiments": [
    {
      "accession": "<string>",
      "assay_title": "<string>",
      "target": "<object>",
      "biosample_ontology": "<object>",
      "description": "<string>",
      "status": "<string>"
    }
  ],
  "gene_name": "<string>",
  "cell_type": "<string>",
  "count": "<integer>",
  "url": "<string>",
  "note": "<string>"
}

完整参数与使用说明

61) 按 rsID 查询变异调控注释

  • 作用： 按 rsID 查询变异调控注释。
  • 处理方法： 通过 RegulomeDB 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.regulome_db_query_variant(*, rsid=None, variant=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 rsid, assembly, query_coordinates, regulome_score 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.regulome_db_query_variant(
    rsid='rs4994',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "rsid": "<string>",
  "assembly": "<string>",
  "query_coordinates": [
    "<string>"
  ],
  "regulome_score": {
    "probability": "<string>",
    "ranking": "<string>",
    "tissue_specific_scores": "<object>"
  },
  "variants": [
    {
      "chrom": "<string>",
      "start": "<integer>",
      "end": "<integer>",
      "rsids": "<array>"
    }
  ],
  "features": "<object>",
  "nearby_snps": [
    "<value>"
  ],
  "notifications": "<object>"
}

完整参数与使用说明

62) 查询基因组区间的候选顺式调控元件

  • 作用： 查询基因组区间的候选顺式调控元件。
  • 处理方法： 通过 SCREEN 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.screen_get_regulatory_elements(*, gene_name=None, query=None, element_type=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回字典，包含 gene_name, element_type, count, regulatory_elements 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.screen_get_regulatory_elements(
    gene_name='BRCA1',
    element_type='enhancer',
    limit=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "gene_name": "<string>",
  "element_type": "<string>",
  "count": "<integer>",
  "regulatory_elements": [
    {
      "accession": "<string>",
      "assay_title": "<string>",
      "target": "<string>",
      "biosample": "<string>",
      "status": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

63) 从 UCSC 获取 ENCODE 候选顺式调控元件

  • 作用： 从 UCSC 获取 ENCODE 候选顺式调控元件。
  • 处理方法： 通过 UCSCEpigenomics 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.ucsc_get_encode_c_cres(*, genome=None, chrom, start, end, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 chrom, start, end。
  • 输出： 返回字典，包含 genome, region, ccre_count, ccres 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.ucsc_get_encode_c_cres(
    genome='hg38',
    chrom='chr17',
    start=7668421,
    end=7687490,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "genome": "<string>",
  "region": "<string>",
  "ccre_count": "<integer>",
  "ccres": [
    {
      "name": "<string>",
      "chrom": "<string>",
      "chromStart": "<integer>",
      "chromEnd": "<integer>",
      "cCRE_class": "<string>",
      "DNase_maxZ": "<number>",
      "H3K4me3_maxZ": "<number>",
      "H3K27ac_maxZ": "<number>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

64) 查询单个直接转录因子结合数据集

  • 作用： 查询单个直接转录因子结合数据集。
  • 处理方法： 通过 UniBind 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.uni_bind_get_dataset(*, operation=None, dataset_id, verbose=True)
  • 输入： 必须提供 dataset_id。
  • 输出： 返回字典，包含 dataset_id, tf_name, cell_line, biological_condition 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.uni_bind_get_dataset(
    operation='get_dataset',
    dataset_id='EXP030726.neural_stem_cells.SMAD3',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "dataset_id": "<string>",
  "tf_name": "<string>",
  "cell_line": [
    "<string>"
  ],
  "biological_condition": [
    "<string>"
  ],
  "identifier": [
    "<string>"
  ],
  "jaspar_id": [
    "<string>"
  ],
  "prediction_models": [
    "<string>"
  ],
  "tfbs_models": [
    {
      "prediction_model": "<string>",
      "jaspar_id": "<string>",
      "jaspar_version": "<string>",
      "total_tfbs": "<string>",
      "score_threshold": "<string>",
      "distance_threshold": "<string>",
      "adj_centrimo_pvalue": "<number>",
      "bed_url": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

65) 列出 UniBind 收录的转录因子

  • 作用： 列出 UniBind 收录的转录因子。
  • 处理方法： 通过 UniBind 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.uni_bind_list_tfs(*, operation=None, search=None, limit=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回“列出 UniBind 收录的转录因子”的列表；元素结构见下方示例。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.uni_bind_list_tfs(
    operation='list_tfs',
    search='SMAD',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  "<string>"
]

完整参数与使用说明

66) 按转录因子与细胞条件检索结合数据集

  • 作用： 按转录因子与细胞条件检索结合数据集。
  • 处理方法： 通过 UniBind 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
  • API： dnakit.databases.uni_bind_search_datasets(*, operation=None, tf_name=None, species=None, cell_line=None, collection=None, order=None, page=None, page_size=None, verbose=True)
  • 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
  • 输出： 返回记录列表；每条记录包含 tf_name, total_peaks, dataset_url, dataset_id 等字段。
  • 示例代码：
import dnakit

result = dnakit.databases.uni_bind_search_datasets(
    operation='search_datasets',
    tf_name='SMAD3',
    page_size=5,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "tf_name": "<string>",
    "total_peaks": "<string>",
    "dataset_url": "<string>",
    "dataset_id": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明