表达、调控与接触图预测:参数与补充说明¶
用法和示例见功能教程。
各功能按作用、API、输入、输出、示例代码和结果说明介绍。运行前按说明准备凭据、本地文件与可选依赖;远程结果随数据库版本与查询时间变化。
这些入口调用已有模型或预测服务。模型权重、SDK、服务凭据和使用条件继续由原提供方决定;DNAKit 没有重新训练这些模型。
预测基因组区间的多模态调控轨道¶
dnakit.databases.alpha_genome_predict_interval(*, chromosome, start, end, output_types=None, ontology_terms=None, organism=None, sequence_length=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
chromosome |
string | 必填 | Chromosome, e.g. 'chr19'. |
start |
integer | 必填 | Interval start (0-based). |
end |
integer | 必填 | Interval end. |
output_types |
array | null | None | Modalities to predict, e.g. ['RNA_SEQ','ATAC'] (default ['RNA_SEQ']). {"items": {"type": "string"}} |
ontology_terms |
array | null | None | Optional tissue/cell ontology terms (e.g. ['UBERON:0001114'] = liver) to restrict tracks. {"items": {"type": "string"}} |
organism |
string | null | None | 'human' (default) or 'mouse'. |
sequence_length |
string | null | None | Context window: 16KB, 100KB, 500KB, or 1MB (default). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
运行前配置:ALPHA_GENOME_API_KEY。