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表达、调控与接触图预测:参数与补充说明

用法和示例见功能教程。

各功能按作用、API、输入、输出、示例代码和结果说明介绍。运行前按说明准备凭据、本地文件与可选依赖;远程结果随数据库版本与查询时间变化。

这些入口调用已有模型或预测服务。模型权重、SDK、服务凭据和使用条件继续由原提供方决定;DNAKit 没有重新训练这些模型。

预测基因组区间的多模态调控轨道

dnakit.databases.alpha_genome_predict_interval(*, chromosome, start, end, output_types=None, ontology_terms=None, organism=None, sequence_length=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
chromosome string 必填 Chromosome, e.g. 'chr19'.
start integer 必填 Interval start (0-based).
end integer 必填 Interval end.
output_types array | null None Modalities to predict, e.g. ['RNA_SEQ','ATAC'] (default ['RNA_SEQ']). {"items": {"type": "string"}}
ontology_terms array | null None Optional tissue/cell ontology terms (e.g. ['UBERON:0001114'] = liver) to restrict tracks. {"items": {"type": "string"}}
organism string | null None 'human' (default) or 'mouse'.
sequence_length string | null None Context window: 16KB, 100KB, 500KB, or 1MB (default).
verbose bool True 运行提示开关。

运行前配置:ALPHA_GENOME_API_KEY。