转录与翻译

将 DNA 序列转录为 RNA，或按照指定阅读框和密码表翻译为蛋白质序列。

1) 转录

• 作用： 按指定链方向将 DNA 中的胸腺嘧啶 T 转换为尿嘧啶 U，得到大写 RNA 序列，用于检查转录产物。
• 处理方法： 正向链将 T 替换为 U；反向链先反向互补再转录。
• API： dnakit.ops.transcribe(sequence[必须], strand[可选])。
• 输入： 必填一条 DNASequence；strand 可选 "forward" 或 "reverse"，默认使用正向链。
• 输出： 返回转录后的 RNA 字符串。
• 示例代码：

from dnakit import DNASequence
from dnakit.ops import transcribe

seq = DNASequence("ATGGGCTAA")
print(transcribe(seq))

• 示例结果：

AUGGGCUAA

2) 翻译

• 作用： 按指定链方向、阅读框和遗传密码表将 DNA 或 RNA 翻译为蛋白质序列，用于检查编码区和氨基酸序列。
• 处理方法： 按阅读框将序列分为密码子，再查指定遗传密码表并应用终止和模糊密码子策略。
• API： dnakit.ops.translate(sequence[必须], frame[可选], table[可选], strand[可选], stop_policy[可选], unknown_policy[可选], incomplete_policy[可选])。
• 输入： 必填 DNASequence 或已规范化的大写 DNA/RNA 字符串；可选 strand、frame、table、终止密码子策略、模糊密码子策略和不完整密码子策略。
• 输出： 返回翻译后的氨基酸序列字符串。
• 示例代码：

from dnakit import DNASequence
from dnakit.ops import translate

seq = DNASequence("ATGGGCTAA")
print(translate(seq))

• 示例结果：

MG*

3) 翻译三个正向阅读框并查找最长开放阅读框

• 作用： 翻译三个正向阅读框并查找最长开放阅读框。
• 处理方法： 按标准遗传密码表翻译三个正向阅读框，比较无终止密码子的连续片段。
• API： dnakit.databases.dna_translate_reading_frames(*, operation=None, sequence, frame=None, genetic_code=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 sequence。
• 输出： 返回字典，包含 sequence_length, frames, best_frame, best_orf 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.dna_translate_reading_frames(
    operation='translate_reading_frames',
    sequence='ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "sequence_length": "<integer>",
  "frames": "<object>",
  "best_frame": "<integer>",
  "best_orf": "<string>",
  "best_orf_length_aa": "<integer>"
}

完整参数与使用说明