数据划分：参数与补充说明¶

用法和示例见功能教程。

各功能按作用、API、输入、输出、示例代码和结果说明介绍。运行前按说明准备凭据、本地文件与可选依赖；远程结果随数据库版本与查询时间变化。

ENCODE 接口返回文本：多数是 JSON，get_citations 可返回 BibTeX/RIS，export_data 可返回 CSV/TSV。仅 JSON 文本使用 json.loads()。追踪与凭据保存在 ~/.dnakit-encode/；持久化凭据功能需要 dnakit[encode-credentials]。

比较 ENCODE 实验的联合分析兼容性¶

dnakit.encode.compare_experiments(accession1, accession2, *, verbose=True)

参数	类型	必填 / 默认值	说明与约束
`accession1`	str	必填	First experiment accession (e.g., "ENCSR133RZO")
`accession2`	str	必填	Second experiment accession (e.g., "ENCSR000AKS")
`verbose`	bool	True	是否显示 DNAKit 运行提示；不会改变返回值。

将追踪的 ENCODE 实验导出为表格¶

dnakit.encode.export_data(format='csv', assay_title=None, organism=None, organ=None, *, verbose=True)

参数	类型	必填 / 默认值	说明与约束
`format`	Literal['csv', 'tsv', 'json']	'csv'	Output format: - "csv": Comma-separated values (default, for Excel/spreadsheets) - "tsv": Tab-separated values (for R, pandas) - "json": JSON array (for programmatic use)
`assay_title`	str \| None	None	Filter by assay type (partial match)
`organism`	str \| None	None	Filter by organism (partial match)
`organ`	str \| None	None	Filter by organ (partial match)
`verbose`	bool	True	是否显示 DNAKit 运行提示；不会改变返回值。

获取追踪实验的论文与参考文献¶

dnakit.encode.get_citations(accession=None, export_format='json', *, verbose=True)

参数	类型	必填 / 默认值	说明与约束
`accession`	str \| None	None	Specific experiment accession. If None, returns all publications.
`export_format`	Literal['json', 'bibtex', 'ris']	'json'	Output format: - "json": Structured data (default) - "bibtex": BibTeX format for LaTeX - "ris": RIS format (Endnote, Zotero, Mendeley)
`verbose`	bool	True	是否显示 DNAKit 运行提示；不会改变返回值。

查询衍生文件的来源记录¶

dnakit.encode.get_provenance(file_path=None, source_accession=None, *, verbose=True)

参数	类型	必填 / 默认值	说明与约束
`file_path`	str \| None	None	Get provenance for a specific derived file
`source_accession`	str \| None	None	List all files derived from a specific ENCODE accession
`verbose`	bool	True	是否显示 DNAKit 运行提示；不会改变返回值。

查询实验关联的外部参考标识¶

dnakit.encode.get_references(experiment_accession=None, reference_type=None, *, verbose=True)

参数	类型	必填 / 默认值	说明与约束
`experiment_accession`	str \| None	None	Filter by specific experiment (optional)
`reference_type`	Literal['pmid', 'doi', 'nct_id', 'preprint_doi', 'geo_accession', 'other'] \| None	None	Filter by reference type (optional): "pmid", "doi", "nct_id", "preprint_doi", "geo_accession", "other"
`verbose`	bool	True	是否显示 DNAKit 运行提示；不会改变返回值。

为追踪实验关联外部参考标识¶

dnakit.encode.link_reference(experiment_accession, reference_type, reference_id, description='', *, verbose=True)

参数	类型	必填 / 默认值	说明与约束
`experiment_accession`	str	必填	ENCODE experiment accession (e.g., "ENCSR133RZO")
`reference_type`	Literal['pmid', 'doi', 'nct_id', 'preprint_doi', 'geo_accession', 'other']	必填	Type of external reference: - "pmid": PubMed ID (e.g., "32728249") - "doi": DOI (e.g., "10.1038/s41586-020-2493-4") - "nct_id": ClinicalTrials.gov ID (e.g., "NCT04567890") - "preprint_doi": bioRxiv/medRxiv DOI - "geo_accession": GEO accession (e.g., "GSE123456") - "other": Any other identifier
`reference_id`	str	必填	The actual identifier value
`description`	str	''	Optional description of why this reference is linked
`verbose`	bool	True	是否显示 DNAKit 运行提示；不会改变返回值。

列出本地追踪的 ENCODE 实验¶

dnakit.encode.list_tracked(assay_title=None, organism=None, organ=None, *, verbose=True)

参数	类型	必填 / 默认值	说明与约束
`assay_title`	str \| None	None	Filter by assay type (partial match)
`organism`	str \| None	None	Filter by organism (partial match)
`organ`	str \| None	None	Filter by organ (partial match)
`verbose`	bool	True	是否显示 DNAKit 运行提示；不会改变返回值。

登记衍生文件与数据来源¶

dnakit.encode.log_derived_file(file_path, source_accessions, description='', file_type='', tool_used='', parameters='', *, verbose=True)

参数	类型	必填 / 默认值	说明与约束
`file_path`	str	必填	Path to the derived file you created
`source_accessions`	list[str]	必填	List of ENCODE accessions this file was derived from (experiment or file accessions, e.g., ["ENCSR133RZO", "ENCFF635JIA"])
`description`	str	''	What this derived file contains
`file_type`	str	''	Type of file (e.g., "filtered_peaks", "merged_signal", "differential")
`tool_used`	str	''	Tool/software used to create it (e.g., "bedtools intersect", "DESeq2")
`parameters`	str	''	Parameters or command used
`verbose`	bool	True	是否显示 DNAKit 运行提示；不会改变返回值。

按字段汇总追踪的实验集合¶

dnakit.encode.summarize_collection(assay_title=None, organism=None, organ=None, *, verbose=True)

参数	类型	必填 / 默认值	说明与约束
`assay_title`	str \| None	None	Filter by assay type (partial match)
`organism`	str \| None	None	Filter by organism (partial match)
`organ`	str \| None	None	Filter by organ (partial match)
`verbose`	bool	True	是否显示 DNAKit 运行提示；不会改变返回值。

在本地追踪 ENCODE 实验及其来源信息¶

dnakit.encode.track_experiment(accession, fetch_publications=True, fetch_pipelines=True, notes='', *, verbose=True)

参数	类型	必填 / 默认值	说明与约束
`accession`	str	必填	ENCODE experiment accession (e.g., "ENCSR133RZO")
`fetch_publications`	bool	True	Also fetch and store publications/citations (default True)
`fetch_pipelines`	bool	True	Also fetch and store pipeline/analysis info (default True)
`notes`	str	''	Optional notes to attach to this experiment
`verbose`	bool	True	是否显示 DNAKit 运行提示；不会改变返回值。