环状序列操作¶
旋转环状 DNA 的起点，或提取跨越环状原点的序列片段。
1) 旋转环状序列并提取跨原点片段¶
- 作用： 在不改变环状 DNA 内容的情况下重新指定存储起点，或截取跨越原点的片段，并正确换算新旧坐标。
- 计算方法： 按偏移量循环移动起点；canonical_origin 选择规范起点并同步变换注释坐标。
- API：
dnakit.ops.rotate(dna[必须], offset[必须])、dnakit.ops.canonical_origin(dna[必须])，均返回新的DNA并同步注释。 - 输入： 必填显式声明为 circular 的单记录
DNA；rotate 另需偏移。只提取序列值时可把dna.sequence传给circular_subsequence()。 - 输出： 返回旋转、规范化或跨原点提取后的
DNA序列。 - 示例代码：
from dnakit import DNA
from dnakit.ops import canonical_origin, circular_subsequence, rotate
dna = DNA("GATTACA", topology="circular")
rotated = rotate(dna, 2)
canonical = canonical_origin(dna)
wrapped = circular_subsequence(dna.sequence, 5, 2)
print(rotated.symbols)
print(canonical.symbols)
print(wrapped.symbols)
- 示例结果：