外部基因组分析与 MCP：参数与补充说明¶
作用、计算方法与示例见功能教程。论文、作者和许可证证据见来源 FAQ。
目录状态与检索约定¶
search_projects 与 list_analyses 接受可选的 query 和 domain，多个关键词需要同时匹配。describe_analysis(analysis) 接受已登记的分析 ID，返回输入键名、参数类型与范围、安装说明、输出文件和来源。
reference_only 表示发现了来源，但尚无该项目的本地接口。available 还需区分原生函数、外部适配器、MCP 或工作流文档；收录不代表上游全部能力均已实现或完成科学验证。初始缺口字段描述扩展前的情况，remaining_gaps 描述当前限制。
外部分析的参数与运行约定¶
使用前按具体分析单独准备软件、参考数据库、模型权重和凭据，统一参考版本、样本标识和等位基因方向。输入前缀必须对应完整文件组，例如 PLINK 的 BED/BIM/FAM。
| 参数 | 使用约定 |
|---|---|
analysis |
必填；list_analyses 中的分析 ID。 |
inputs |
必填；字典键必须与 describe_analysis 的输入定义完全一致，值为文件路径或前缀。 |
output_directory |
必填；尚不存在的输出目录。 |
parameters |
可选；仅接受登记的参数，默认值和范围见 describe_analysis；不接受任意命令行参数。 |
threads |
默认 1，整数范围 1–1024。 |
executable_paths |
可选；按后端程序名指定路径，如 {"plink2": "/path/to/plink2"}。 |
timeout_seconds |
仅执行接口；默认 3600.0，范围 (0, 86400] 秒。 |
max_artifact_bytes |
仅执行接口；默认 1000000000，限制单个产物文件的字节数。 |
verbose |
默认 True；控制运行提示和进度显示。 |
plan_analysis 校验输入并生成命令，不写文件；计划会标记尚未找到的可执行程序。run_analysis 要求后端可用，在新输出目录保存命令、输入、参数、来源、日志与 dnakit-run.json。执行失败仍写失败记录；completed 表示程序退出与文件契约通过，科学结论仍需 QC。
PLINK 四项已用真实 PLINK 2 和固定随机种子的人工数据运行。各补充适配器的 validation 区分接口审查、人工数据实际运行和未运行，见335 条审核。FastANI 无匹配、Barrnap 无基因、Cas-OFFinder 无命中等有效空结果会明确允许；其他必须产物为空会判失败。modkit-pileup 的参考 FASTA 需预先建立 .fai。
MCP 安装与连接参数¶
在源码环境安装 MCP 客户端支持：
各第三方服务需按其上游说明单独安装、配置。list_mcp_servers 返回启动方式和安装信息，不读取凭据或启动服务；功能教程中的服务目录保留逐项配置。客户端不会自动安装服务，目录收录也不代表本机服务可用或完成科学验证。
| 参数 | 使用约定 |
|---|---|
server_id |
必填；服务目录中的 ID。 |
tool_name |
单次工具调用必填；必须取自实时工具清单。 |
arguments |
单次工具调用必填；符合工具 inputSchema 的 JSON 对象。 |
transport |
默认 "stdio"；"http" 仅用于目录登记的作者公开端点。 |
executable_path |
可选；单独安装的服务可执行程序或解释器路径。 |
workdir |
可选；运行目录，源码型服务通常需要指向项目目录。 |
environment_variables |
可选；将服务变量名映射到当前环境中已有的变量名，值不是凭据原文。 |
timeout_seconds |
默认 60.0 秒；控制请求或整个工作流会话的超时。 |
max_response_bytes |
默认 4194304；SDK 解码后的响应大小限制。 |
max_tools |
默认 5000；允许的工具清单大小上限。 |
verbose |
默认 True；控制运行提示和进度显示。 |
list_mcp_tools 启动 stdio 服务或连接登记的 HTTP 服务，获取真实 schema。call_mcp_tool 校验参数后才执行工具；远端 isError 会保留为 remote_error，已知转发凭据会从结果中脱敏。每次独立调用建立并关闭一个会话，服务内存状态不会跨调用保留。响应大小在 SDK 解码后检查，不是网络流量限额。
本地真实 stdio 协议、参数验证、会话状态和错误中止已验证；补充审核还对 6 个作者 HTTP 服务完成真实工具发现。服务科学分析、账户和模型环境的验证边界见补充清单 FAQ。
同一会话的调用列表¶
call_mcp_workflow 接受必填的 server_id 与 calls，其余连接参数与上节一致。calls 包含 1–100 项，每项只能包含 tool_name 和 arguments。工具参数显式传入，不执行脚本，也不自动将上一步输出代入下一步。
每步重新读取 schema 并校验参数；任一步远端报错即停止，返回已执行步骤（包括失败步骤）。配置或连接错误会抛异常。此前已执行的上传或计算不会回滚。timeout_seconds 限制整个会话，响应字节限制作用于累计解码结果；按实际工具说明判断联网、文件与计算资源使用。
DNAKit MCP 入口¶
安装客户端支持后启动统一入口：
先用 search_dnakit_tools 搜索 genomics 或 integrations，再用 describe_dnakit_tool 查看完整签名与 schema。外部分析和远端 MCP 调用标记为 external_process；统一执行入口使用已有的 allow_side_effects=true 调用机制。
完整 API 签名¶
dnakit.integrations
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Reviewed external genomics analyses with optional, caller-installed backends.
call_mcp_tool(server_id, tool_name, arguments, *, transport='stdio', executable_path=None, workdir=None, environment_variables=None, timeout_seconds=60.0, max_response_bytes=4194304, max_tools=5000, verbose=True)
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Validate against a server's live inputSchema, then invoke exactly one tool.
Tool effects belong to the caller-selected upstream tool: external services may read/write files, contact networks or load models. Returned content and structuredContent retain the MCP isError flag; remote errors are explicitly marked remote_error. Known forwarded credential values are redacted. Each call starts a fresh session, so upstream in-memory state is not retained.
call_mcp_workflow(server_id, calls, *, transport='stdio', executable_path=None, workdir=None, environment_variables=None, timeout_seconds=60.0, max_response_bytes=4194304, max_tools=5000, verbose=True)
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Run explicit tool calls sequentially within one retained MCP session.
Each call is {"tool_name": str, "arguments": dict}; 1 to 100 calls are allowed. Schemas are retrieved and validated before every step. Server in-memory state persists between steps, supporting model loading followed by prediction. Calls use explicit arguments; output substitution and arbitrary scripts are not run. A remote isError stops the workflow and returns all executed steps, including the error. Configuration/connection errors raise; earlier effects cannot be rolled back. timeout_seconds bounds the complete session, and the response byte limit applies to accumulated decoded step results.
describe_analysis(analysis, *, verbose=True)
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Describe inputs, parameters, dependencies, outputs and sources without execution.
list_analyses(query='', *, domain=None, verbose=True)
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Search available executable adapters; availability does not imply installation.
list_mcp_servers(*, verbose=True)
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Return source-backed connection recipes without importing SDKs or starting services.
Catalog inclusion confirms an upstream startup recipe, not local availability, server health or scientific validation. No credentials are read by this call.
list_mcp_tools(server_id, *, transport='stdio', executable_path=None, workdir=None, environment_variables=None, timeout_seconds=60.0, max_response_bytes=4194304, max_tools=5000, verbose=True)
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Connect to one catalog server and retrieve its live tool names and schemas.
Stdio launches the separately installed executable; source servers require workdir. No installer or shell is used. environment_variables maps supported server variable names to existing environment variable names, never values. Only explicitly requested runtime variables (e.g. PYTHONPATH) are forwarded. HTTP is supported only for author-documented catalog endpoints. Response byte limits are checked after SDK decoding, not at the transport wire layer. Validated local description revisions apply only to this listing; upstream invocation schemas remain authoritative.
plan_analysis(analysis, inputs, output_directory, *, parameters=None, threads=1, executable_paths=None, verbose=True)
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Validate an analysis and return exact argument vectors without writing files.
Input prefixes refer to complete file sets, e.g. BED/BIM/FAM. Paths are resolved before changing the working directory. Missing executables remain explicit in the plan; running requires a separately installed backend.
run_analysis(analysis, inputs, output_directory, *, parameters=None, threads=1, executable_paths=None, timeout_seconds=3600.0, max_artifact_bytes=1000000000, verbose=True)
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Run an explicitly selected scientific backend in a fresh output directory.
No packages, databases, model weights or credentials are installed or fetched. Results include original sources, exact commands and persistent output paths. Process success verifies produced artifacts, not scientific validity.
search_projects(query='', *, domain=None, verbose=True)
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Search the dated evidence survey, including projects not integrated into DNAKit.
Project entries distinguish skills, MCP servers, software, models and papers. A search hit is evidence of discovery, not a claim of local execution.