遗传模拟¶
1) 模拟独立位点的等位基因遗传¶
- 作用： 根据显式提供的亲本与位点定义模拟等位基因遗传和突变。
- 处理方法： 逐独立位点从双亲各抽取一个等位基因，再按给定概率施加突变。
- API：
dnakit.workflows.simulate_inheritance(father, mother, trait_registry, disease_registry, *, offspring_count=3, generation=1, mutation_rate=0.001, seed=None, verbose=True) - 输入： 必须提供
father,mother,trait_registry,disease_registry。 使用显式合成位点演示独立遗传；关闭突变，不访问远程数据。 - 输出： 字典包含 offspring、seed、mutation_rate、scope、upstream；只模拟独立位点遗传，不模拟染色体交叉或真实临床结局。
- 示例代码：
import dnakit
example_father = {'id': 'father',
'sex': 'Male',
'loci': {'L1': {'chromosome': '1',
'position': 1,
'ref': 'A',
'alt': 'C',
'dominance': 'additive',
'effect_size': 1,
'alleles': ['A', 'A']}}}
example_mother = {'id': 'mother',
'sex': 'Female',
'loci': {'L1': {'chromosome': '1',
'position': 1,
'ref': 'A',
'alt': 'C',
'dominance': 'additive',
'effect_size': 1,
'alleles': ['C', 'C']}}}
example_trait_registry = {'traits': {'dosage': {'loci': [{'chromosome': '1',
'position': 1,
'ref': 'A',
'alt': 'C',
'dominance': 'additive',
'effect_size': 1,
'id': 'L1',
'effect': 1}]}}}
result = dnakit.workflows.simulate_inheritance(
father=example_father,
mother=example_mother,
trait_registry=example_trait_registry,
disease_registry={'diseases': {}},
offspring_count=2,
mutation_rate=0,
seed=13,
verbose=False,
)
print(result)
- 示例结果： 字典包含 offspring、seed、mutation_rate、scope、upstream；只模拟独立位点遗传，不模拟染色体交叉或真实临床结局。
返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。