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模式生物、物种与微生物组查询:参数与补充说明

用法和示例见功能教程。

各功能按作用、API、输入、输出、示例代码和结果说明介绍。运行前按说明准备凭据、本地文件与可选依赖;远程结果随数据库版本与查询时间变化。

查询果蝇基因详情

dnakit.databases.fly_base_get_gene(*, gene_id, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
gene_id string 必填 FlyBase gene ID with 'FB:' prefix. Examples: 'FB:FBgn0003996' (white/w), 'FB:FBgn0000490' (decapentaplegic/dpp), 'FB:FBgn0004647' (Notch/N), 'FB:FBgn0000546' (eyeless/ey), 'FB:FBgn0003731' (hedgehog/hh).
verbose bool True 运行提示开关。

查询果蝇基因等位变异与表型

dnakit.databases.fly_base_get_gene_alleles(*, gene_id, limit=None, page=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
gene_id string 必填 FlyBase gene ID with 'FB:' prefix. Examples: 'FB:FBgn0003996' (white/w), 'FB:FBgn0000490' (dpp), 'FB:FBgn0004647' (Notch/N).
limit integer None Maximum number of alleles to return (1-100). Default: 20.
page integer None Page number for pagination. Default: 1.
verbose bool True 运行提示开关。

查询果蝇基因相关疾病模型

dnakit.databases.fly_base_get_gene_disease_models(*, gene_id, limit=None, page=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
gene_id string 必填 FlyBase gene ID with 'FB:' prefix. Examples: 'FB:FBgn0000490' (dpp), 'FB:FBgn0004647' (Notch/N), 'FB:FBgn0003996' (white/w).
limit integer None Maximum number of disease models to return (1-100). Default: 20.
page integer None Page number for pagination. Default: 1.
verbose bool True 运行提示开关。

查询果蝇基因的发育阶段与组织表达

dnakit.databases.fly_base_get_gene_expression(*, gene_id, limit=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
gene_id string 必填 FlyBase gene ID, with or without the 'FB:' prefix. Examples: 'FB:FBgn0000490' (dpp), 'FB:FBgn0003996' (white/w), 'FB:FBgn0004647' (Notch/N).
limit integer None Max annotations to return (default 50, max 100).
verbose bool True 运行提示开关。

查询果蝇基因分子互作与遗传互作

dnakit.databases.fly_base_get_gene_interactions(*, gene_id, interaction_type=None, limit=None, page=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
gene_id string 必填 FlyBase gene ID with 'FB:' prefix. Examples: 'FB:FBgn0003996' (white/w), 'FB:FBgn0000490' (dpp), 'FB:FBgn0004647' (Notch/N).
interaction_type string None Type of interaction: 'molecular' (physical PPI) or 'genetic' (phenotype-based). Default: 'molecular'.
limit integer None Maximum number of interactions to return (1-100). Default: 20.
page integer None Page number for pagination. Default: 1.
verbose bool True 运行提示开关。

查询果蝇基因的跨物种直系同源关系

dnakit.databases.fly_base_get_gene_orthologs(*, gene_id, limit=None, page=None, stringency=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
gene_id string 必填 FlyBase gene ID with 'FB:' prefix. Examples: 'FB:FBgn0004647' (Notch/N), 'FB:FBgn0003996' (white/w), 'FB:FBgn0000546' (eyeless/ey).
limit integer None Maximum number of orthologs to return (1-100). Default: 20.
page integer None Page number for pagination. Default: 1.
stringency string None Stringency filter for orthology calls: 'stringent' (high confidence) or 'moderate'. Default: 'stringent'.
verbose bool True 运行提示开关。

检索果蝇综合基因组学记录

dnakit.databases.fly_mine_search(*, q, size=None, format=None, facet_Category=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
q string 必填 Search query: gene symbol (e.g., 'dpp', 'Notch', 'hedgehog'), protein name, domain name, or free text.
size integer None Number of results to return (default: 10, max: 100).
format string None Response format. Must be 'json'.
facet_Category string None Filter by entity category. Options: 'Gene', 'Protein', 'Publication', 'ProteinDomain', 'CDNAClone', 'GOTerm', 'InteractionExperiment', 'RNAiScreen', 'UniProtFeature'.
verbose bool True 运行提示开关。

按分类编号查询 GBIF 物种详情

dnakit.databases.gbif_get_species(*, speciesKey, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
speciesKey integer 必填 GBIF species/taxon key. Examples: 2435099 (Puma concolor / puma), 2878688 (Quercus robur / English oak), 5219404 (Canis lupus / wolf), 2480528 (Homo sapiens), 2495662 (Aquila chrysaetos / golden eagle). Use GBIF_search_species to find keys.
verbose bool True 运行提示开关。

检索 GBIF 物种名称与分类

dnakit.databases.gbif_search_species(*, query, limit=None, offset=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
query string 必填 Query keyword, e.g., Homo
limit integer None 当前请求的返回数量上限;不是全库命中总数。
offset integer None 分页起始偏移;对应当前查询结果。
verbose bool True 运行提示开关。

查询 GTDB 物种簇及其基因组

dnakit.databases.gtdb_get_species(*, operation=None, species, max_genomes=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
operation string None Operation type (fixed: get_species)
species string 必填 Species name WITHOUT the s__ prefix (e.g., 'Escherichia coli', 'Hydrogenothermus marinus', 'Bacillus subtilis')
max_genomes integer None Maximum number of genomes to return (default: 20). Species clusters can have thousands of genomes.
verbose bool True 运行提示开关。

查询 GTDB 分类层级与版本历史

dnakit.databases.gtdb_get_taxon_info(*, operation=None, taxon, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
operation string None Operation type (fixed: get_taxon_info)
taxon string 必填 GTDB taxon name with rank prefix (e.g., 'f__Lachnospiraceae', 'd__Bacteria', 'g__Escherichia', 's__Escherichia coli'). Use GTDB_search_taxon to find valid names.
verbose bool True 运行提示开关。

按物种名称检索原核基因组

dnakit.databases.gtdb_search_genomes(*, operation=None, query, page=None, items_per_page=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
operation string None Operation type (fixed: search_genomes)
query string 必填 Search query for organism name (e.g., 'Escherichia', 'Staphylococcus aureus', 'Lactobacillus')
page integer None Page number for pagination (default: 1)
items_per_page integer None Number of results per page (default: 10, max: 50)
verbose bool True 运行提示开关。

按部分名称检索原核分类单元

dnakit.databases.gtdb_search_taxon(*, operation=None, query, limit=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
operation string None Operation type (fixed: search_taxon)
query string 必填 Partial taxon name to search for (e.g., 'Lachnospiraceae', 'Escherichia', 'Bacillota'). Case-insensitive.
limit integer None Maximum number of results per rank (default: 20, max: 100)
verbose bool True 运行提示开关。

按 MGI 编号查询小鼠基因详情

dnakit.databases.mgi_get_gene(*, gene_id, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
gene_id string 必填 MGI gene identifier with 'MGI:' prefix. Examples: 'MGI:98834' (Trp53/p53), 'MGI:104537' (Brca1), 'MGI:96677' (Kit), 'MGI:88039' (Apoe), 'MGI:88276' (Braf).
verbose bool True 运行提示开关。

查询小鼠基因的突变表型注释

dnakit.databases.mgi_get_phenotypes(*, gene_id, limit=None, page=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
gene_id string 必填 MGI gene identifier with 'MGI:' prefix. Examples: 'MGI:98834' (Trp53), 'MGI:104537' (Brca1), 'MGI:96677' (Kit).
limit integer None Number of phenotype annotations to return per page (default: 20, max: 100).
page integer None Page number for pagination (default: 1).
verbose bool True 运行提示开关。

按名称或关键词检索小鼠基因

dnakit.databases.mgi_search_genes(*, query, limit=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
query string 必填 Gene search query: mouse gene symbol (e.g., 'Trp53', 'Brca1', 'Sox9'), gene name keyword (e.g., 'insulin', 'tumor'), or MGI ID (e.g., 'MGI:98834').
limit integer None Maximum number of results to return (default: 10, max: 50).
verbose bool True 运行提示开关。

查询微生物基因组质量与分类信息

dnakit.databases.mgnify_get_genome(*, genome_id, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
genome_id string 必填 MGnify genome accession. Examples: 'MGYG000000001', 'MGYG000535630'.
verbose bool True 运行提示开关。

查询宏基因组分析的 GO 功能注释

dnakit.databases.mgnify_get_go_terms(*, analysis_id, page_size=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
analysis_id string 必填 MGnify analysis accession (e.g., 'MGYA00585482'). Find IDs via MGnify_list_analyses.
page_size integer None Number of GO terms to return per page (default 25, max 100).
verbose bool True 运行提示开关。

查询宏基因组分析的蛋白结构域组成

dnakit.databases.mgnify_get_interpro(*, analysis_id, page_size=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
analysis_id string 必填 MGnify analysis accession (e.g., 'MGYA00585482'). Find IDs via MGnify_list_analyses.
page_size integer None Number of InterPro entries to return per page (default 25, max 100).
verbose bool True 运行提示开关。

查询 MGnify 宏基因组研究详情

dnakit.databases.mgnify_get_study_detail(*, study_accession, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
study_accession string 必填 MGnify study accession. Examples: 'MGYS00002008', 'MGYS00005292'.
verbose bool True 运行提示开关。

查询宏基因组分类组成与丰度

dnakit.databases.mgnify_get_taxonomy(*, analysis_id, rna_type=None, page_size=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
analysis_id string 必填 MGnify analysis accession (e.g., 'MGYA00585482'). Find IDs via MGnify_list_analyses.
rna_type string None rRNA marker type: 'ssu' for 16S/18S (default) or 'lsu' for 23S/28S.
page_size integer None Number of taxa to return per page (default 25, max 100).
verbose bool True 运行提示开关。

列出指定宏基因组研究的分析记录

dnakit.databases.mgnify_list_analyses(*, study_accession, size=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
study_accession string 必填 MGnify study accession, e.g., 'MGYS00000001'
size integer None 当前返回页的数量上限;不自动遍历后续页。
verbose bool True 运行提示开关。

浏览宏基因组生境分类

dnakit.databases.mgnify_list_biomes(*, depth=None, page=None, page_size=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
depth integer None Hierarchy depth to filter by (1=root, 2=second level, etc.).
page integer None Page number (default 1).
page_size integer None Results per page (default 25, max 100).
verbose bool True 运行提示开关。

检索宏基因组组装与分离株基因组

dnakit.databases.mgnify_search_genomes(*, taxonomy=None, page=None, page_size=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
taxonomy string None GTDB taxonomy lineage filter, matched anywhere in the lineage. Examples: 'Bacteroidota' (phylum), 'Bacteroides' (genus), 'Bacillota', 'Pseudomonadota'. NCBI-style phylum names such as 'Bacteroidetes' or 'Firmicutes' return few or no hits -- use the GTDB spelling.
page integer None Page number (default 1).
page_size integer None Results per page (default 25, max 100).
verbose bool True 运行提示开关。

按生境与关键词检索宏基因组研究

dnakit.databases.mgnify_search_studies(*, biome=None, search=None, size=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
biome string None Biome lineage identifier, e.g., 'root:Host-associated' or 'root:Host-associated:Human:Digestive system'
search string None Keyword to search in study title/description
size integer None 当前返回页的数量上限;不自动遍历后续页。
verbose bool True 运行提示开关。

检索全球植物名称与分类记录

dnakit.databases.powo_search_plants(*, q, f=None, perPage=None, cursor=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
q string 必填 Search query. Can be scientific name, common name, genus, or family. Examples: 'rosa canina', 'orchid', 'Asteraceae', 'oak'
f string | null None Filter facets (comma-separated). Common filters: 'species_f:true' (species only), 'accepted_names:true' (only accepted names). Example: 'species_f:true'
perPage integer | null None Results per page (default 24, max 500)
cursor string | null None Pagination cursor from previous response
verbose bool True 运行提示开关。

查询大鼠基因的疾病、表型与功能注释

dnakit.databases.rgd_get_annotations(*, rgd_id, aspect=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
rgd_id string 必填 RGD gene ID (e.g., '2218' for Brca1)
aspect string None Filter by annotation type: 'D' (Disease), 'P' (Pathway), 'W' (Phenotype), 'F' (Function), 'C' (Component), 'E' (Expression). Leave empty for all.
verbose bool True 运行提示开关。

按 RGD 编号查询大鼠基因详情

dnakit.databases.rgd_get_gene(*, rgd_id, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
rgd_id string 必填 RGD gene ID (numeric, e.g., '2218' for Brca1). Can include 'RGD:' prefix.
verbose bool True 运行提示开关。

查询大鼠基因的跨物种直系同源关系

dnakit.databases.rgd_get_orthologs(*, rgd_id, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
rgd_id string 必填 RGD gene ID (e.g., '2218' for Brca1)
verbose bool True 运行提示开关。

查询大鼠基因组区间的数量性状位点

dnakit.databases.rgd_get_qtls_in_region(*, chromosome, start, stop, map_key, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
chromosome string 必填 Chromosome name, e.g. '10' or 'chr10'.
start integer 必填 Region start coordinate (1-based).
stop integer 必填 Region stop coordinate.
map_key integer 必填 Assembly map key. 360=rat rn7/GRCr8, 372=rat mRatBN7.2, 38=human GRCh38, 17=human GRCh37, 35=mouse GRCm39, 18=mouse GRCm38.
verbose bool True 运行提示开关。

按品系名称查询大鼠品系详情

dnakit.databases.rgd_get_strain(*, symbol, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
symbol string 必填 Exact rat strain symbol (case-insensitive), e.g. 'SHR' (spontaneously hypertensive rat), 'BN' (Brown Norway), 'SS' (Dahl salt-sensitive).
verbose bool True 运行提示开关。

查询大鼠品系的疾病与表型注释

dnakit.databases.rgd_get_strain_annotations(*, symbol, category=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
symbol string 必填 Exact rat strain symbol (case-insensitive), e.g. 'SHR', 'BN', 'SS'.
category string | null None Optional annotation category filter: 'disease', 'phenotype', 'strain', 'pathway', etc. Omit to return all categories.
verbose bool True 运行提示开关。

按名称或关键词检索 RGD 基因

dnakit.databases.rgd_search_genes(*, query, species=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
query string 必填 Gene symbol or keyword (e.g., 'Brca1', 'Tp53', 'insulin')
species string None Species to search: 'rat' (default), 'human', 'mouse'
verbose bool True 运行提示开关。

按关键词与类型检索大鼠品系

dnakit.databases.rgd_search_strains(*, query=None, strain_type=None, limit=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
query string | null None Keyword to match against strain symbol, name, genetics, and description (case-insensitive substring). Example: 'hypertensive' or 'Dahl'.
strain_type string | null None Filter by strain type, e.g. 'inbred', 'congenic', 'transgenic', 'recombinant_inbred', 'consomic'.
limit integer | null None Maximum number of strains to return (default 25, max 200).
verbose bool True 运行提示开关。

查询酵母基因与基因座概况

dnakit.databases.sgd_get_gene(*, sgd_id, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
sgd_id string 必填 SGD locus identifier. Examples: 'S000000259' (GAL4), 'S000003219' (RMR1), 'S000005564' (ACT1).
verbose bool True 运行提示开关。

查询酵母基因的 GO 注释与证据

dnakit.databases.sgd_get_go_annotations(*, sgd_id, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
sgd_id string 必填 SGD locus identifier. Examples: 'S000003219' (RMR1), 'S000005564' (ACT1), 'S000000259' (GAL4).
verbose bool True 运行提示开关。

查询酵母基因的遗传与物理互作

dnakit.databases.sgd_get_interactions(*, sgd_id, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
sgd_id string 必填 SGD locus identifier. Examples: 'S000003219' (RMR1), 'S000005564' (ACT1), 'S000000259' (GAL4).
verbose bool True 运行提示开关。

查询酵母突变表型与实验条件

dnakit.databases.sgd_get_phenotypes(*, sgd_id, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
sgd_id string 必填 SGD locus identifier. Examples: 'S000003219' (RMR1), 'S000000259' (GAL4), 'S000005564' (ACT1).
verbose bool True 运行提示开关。

跨数据类型检索酵母数据库

dnakit.databases.sgd_search(*, query, category=None, limit=None, offset=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
query string 必填 Search query string. Examples: 'GAL4', 'cell cycle', 'sporulation'.
category string None Filter by category. Options: 'locus', 'reference', 'biological_process', 'molecular_function', 'cellular_component', 'phenotype', 'disease', 'allele', 'complex', 'pathway', 'chemical', 'strain', 'download'.
limit integer None Maximum results to return (default 10, max 50).
offset integer None Pagination offset (default 0).
verbose bool True 运行提示开关。

查询植物形态、生长与繁殖特征

dnakit.databases.usda_plants_get_characteristics(*, symbol, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
symbol string 必填 USDA PLANTS symbol, e.g. 'ABBA', 'ACRU'.
verbose bool True 运行提示开关。

查询植物名称、分类与生活型

dnakit.databases.usda_plants_get_profile(*, symbol, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
symbol string 必填 USDA PLANTS symbol, e.g. 'ABBA' (balsam fir), 'ACRU' (red maple), 'QUAL' (white oak).
verbose bool True 运行提示开关。

查询线虫基因的组织与发育表达

dnakit.databases.worm_base_get_expression(*, gene_id, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
gene_id string 必填 WormBase gene identifier. Examples: 'WBGene00006763' (unc-26), 'WBGene00000898' (daf-2).
verbose bool True 运行提示开关。

查询秀丽隐杆线虫基因详情

dnakit.databases.worm_base_get_gene(*, gene_id, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
gene_id string 必填 WormBase gene identifier (WBGene format). Examples: 'WBGene00006763' (unc-26), 'WBGene00006789' (unc-52), 'WBGene00000898' (daf-2).
verbose bool True 运行提示开关。

查询线虫基因的实验表型

dnakit.databases.worm_base_get_phenotypes(*, gene_id, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
gene_id string 必填 WormBase gene identifier. Examples: 'WBGene00006763' (unc-26), 'WBGene00000898' (daf-2).
verbose bool True 运行提示开关。

查询爪蟾基因详情与跨库标识

dnakit.databases.xenbase_get_gene(*, gene_id, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
gene_id string 必填 Xenbase gene ID. Can be with or without 'Xenbase:' prefix. Examples: 'XB-GENE-484286' (tp53, X. tropicalis), 'XB-GENE-6252168' (tp53.L, X. laevis), 'XB-GENE-487192' (pax6, X. tropicalis).
verbose bool True 运行提示开关。

检索热带爪蟾与非洲爪蟾基因

dnakit.databases.xenbase_search_genes(*, query, species=None, limit=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
query string 必填 Gene symbol or name to search. Examples: 'tp53', 'pax6', 'sox2', 'bmp4', 'wnt3a', 'fgf8'.
species string None Optional species filter: 'tropicalis' for X. tropicalis, 'laevis' for X. laevis. Leave empty for both species.
limit integer None Maximum number of results to return. Default: 10.
verbose bool True 运行提示开关。

查询斑马鱼基因详情

dnakit.databases.zfin_get_gene(*, gene_id, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
gene_id string 必填 ZFIN gene ID with 'ZFIN:' prefix. Examples: 'ZFIN:ZDB-GENE-990415-8' (pax2a), 'ZFIN:ZDB-GENE-980526-166' (shha/sonic hedgehog a), 'ZFIN:ZDB-GENE-990415-72' (tp53/tumor protein p53), 'ZFIN:ZDB-GENE-030131-7740' (bmp4/bone morphogenetic protein 4).
verbose bool True 运行提示开关。

查询斑马鱼基因的发育与组织表达

dnakit.databases.zfin_get_gene_expression(*, gene_id, limit=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
gene_id string 必填 ZFIN gene ID, with or without the 'ZFIN:' prefix. Examples: 'ZFIN:ZDB-GENE-990415-8' (pax2a), 'ZFIN:ZDB-GENE-980526-166' (shha), 'ZFIN:ZDB-GENE-990415-72' (tp53).
limit integer None Max annotations to return (default 50, max 100).
verbose bool True 运行提示开关。

查询斑马鱼基因突变表型

dnakit.databases.zfin_get_gene_phenotypes(*, gene_id, limit=None, page=None, verbose=True)

参数 类型 必填 / 默认值 说明与约束
gene_id string 必填 ZFIN gene ID with 'ZFIN:' prefix. Examples: 'ZFIN:ZDB-GENE-990415-8' (pax2a), 'ZFIN:ZDB-GENE-990415-72' (tp53), 'ZFIN:ZDB-GENE-980526-166' (shha).
limit integer None Maximum number of phenotypes to return (1-100). Default: 20.
page integer None Page number for pagination. Default: 1.
verbose bool True 运行提示开关。