模式生物、物种与微生物组查询:参数与补充说明¶
用法和示例见功能教程。
各功能按作用、API、输入、输出、示例代码和结果说明介绍。运行前按说明准备凭据、本地文件与可选依赖;远程结果随数据库版本与查询时间变化。
查询果蝇基因详情¶
dnakit.databases.fly_base_get_gene(*, gene_id, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
gene_id |
string | 必填 | FlyBase gene ID with 'FB:' prefix. Examples: 'FB:FBgn0003996' (white/w), 'FB:FBgn0000490' (decapentaplegic/dpp), 'FB:FBgn0004647' (Notch/N), 'FB:FBgn0000546' (eyeless/ey), 'FB:FBgn0003731' (hedgehog/hh). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询果蝇基因等位变异与表型¶
dnakit.databases.fly_base_get_gene_alleles(*, gene_id, limit=None, page=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
gene_id |
string | 必填 | FlyBase gene ID with 'FB:' prefix. Examples: 'FB:FBgn0003996' (white/w), 'FB:FBgn0000490' (dpp), 'FB:FBgn0004647' (Notch/N). |
limit |
integer | None | Maximum number of alleles to return (1-100). Default: 20. |
page |
integer | None | Page number for pagination. Default: 1. |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询果蝇基因相关疾病模型¶
dnakit.databases.fly_base_get_gene_disease_models(*, gene_id, limit=None, page=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
gene_id |
string | 必填 | FlyBase gene ID with 'FB:' prefix. Examples: 'FB:FBgn0000490' (dpp), 'FB:FBgn0004647' (Notch/N), 'FB:FBgn0003996' (white/w). |
limit |
integer | None | Maximum number of disease models to return (1-100). Default: 20. |
page |
integer | None | Page number for pagination. Default: 1. |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询果蝇基因的发育阶段与组织表达¶
dnakit.databases.fly_base_get_gene_expression(*, gene_id, limit=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
gene_id |
string | 必填 | FlyBase gene ID, with or without the 'FB:' prefix. Examples: 'FB:FBgn0000490' (dpp), 'FB:FBgn0003996' (white/w), 'FB:FBgn0004647' (Notch/N). |
limit |
integer | None | Max annotations to return (default 50, max 100). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询果蝇基因分子互作与遗传互作¶
dnakit.databases.fly_base_get_gene_interactions(*, gene_id, interaction_type=None, limit=None, page=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
gene_id |
string | 必填 | FlyBase gene ID with 'FB:' prefix. Examples: 'FB:FBgn0003996' (white/w), 'FB:FBgn0000490' (dpp), 'FB:FBgn0004647' (Notch/N). |
interaction_type |
string | None | Type of interaction: 'molecular' (physical PPI) or 'genetic' (phenotype-based). Default: 'molecular'. |
limit |
integer | None | Maximum number of interactions to return (1-100). Default: 20. |
page |
integer | None | Page number for pagination. Default: 1. |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询果蝇基因的跨物种直系同源关系¶
dnakit.databases.fly_base_get_gene_orthologs(*, gene_id, limit=None, page=None, stringency=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
gene_id |
string | 必填 | FlyBase gene ID with 'FB:' prefix. Examples: 'FB:FBgn0004647' (Notch/N), 'FB:FBgn0003996' (white/w), 'FB:FBgn0000546' (eyeless/ey). |
limit |
integer | None | Maximum number of orthologs to return (1-100). Default: 20. |
page |
integer | None | Page number for pagination. Default: 1. |
stringency |
string | None | Stringency filter for orthology calls: 'stringent' (high confidence) or 'moderate'. Default: 'stringent'. |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
检索果蝇综合基因组学记录¶
dnakit.databases.fly_mine_search(*, q, size=None, format=None, facet_Category=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
q |
string | 必填 | Search query: gene symbol (e.g., 'dpp', 'Notch', 'hedgehog'), protein name, domain name, or free text. |
size |
integer | None | Number of results to return (default: 10, max: 100). |
format |
string | None | Response format. Must be 'json'. |
facet_Category |
string | None | Filter by entity category. Options: 'Gene', 'Protein', 'Publication', 'ProteinDomain', 'CDNAClone', 'GOTerm', 'InteractionExperiment', 'RNAiScreen', 'UniProtFeature'. |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
按分类编号查询 GBIF 物种详情¶
dnakit.databases.gbif_get_species(*, speciesKey, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
speciesKey |
integer | 必填 | GBIF species/taxon key. Examples: 2435099 (Puma concolor / puma), 2878688 (Quercus robur / English oak), 5219404 (Canis lupus / wolf), 2480528 (Homo sapiens), 2495662 (Aquila chrysaetos / golden eagle). Use GBIF_search_species to find keys. |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
检索 GBIF 物种名称与分类¶
dnakit.databases.gbif_search_species(*, query, limit=None, offset=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
query |
string | 必填 | Query keyword, e.g., Homo |
limit |
integer | None | 当前请求的返回数量上限;不是全库命中总数。 |
offset |
integer | None | 分页起始偏移;对应当前查询结果。 |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询 GTDB 物种簇及其基因组¶
dnakit.databases.gtdb_get_species(*, operation=None, species, max_genomes=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
operation |
string | None | Operation type (fixed: get_species) |
species |
string | 必填 | Species name WITHOUT the s__ prefix (e.g., 'Escherichia coli', 'Hydrogenothermus marinus', 'Bacillus subtilis') |
max_genomes |
integer | None | Maximum number of genomes to return (default: 20). Species clusters can have thousands of genomes. |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询 GTDB 分类层级与版本历史¶
dnakit.databases.gtdb_get_taxon_info(*, operation=None, taxon, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
operation |
string | None | Operation type (fixed: get_taxon_info) |
taxon |
string | 必填 | GTDB taxon name with rank prefix (e.g., 'f__Lachnospiraceae', 'd__Bacteria', 'g__Escherichia', 's__Escherichia coli'). Use GTDB_search_taxon to find valid names. |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
按物种名称检索原核基因组¶
dnakit.databases.gtdb_search_genomes(*, operation=None, query, page=None, items_per_page=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
operation |
string | None | Operation type (fixed: search_genomes) |
query |
string | 必填 | Search query for organism name (e.g., 'Escherichia', 'Staphylococcus aureus', 'Lactobacillus') |
page |
integer | None | Page number for pagination (default: 1) |
items_per_page |
integer | None | Number of results per page (default: 10, max: 50) |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
按部分名称检索原核分类单元¶
dnakit.databases.gtdb_search_taxon(*, operation=None, query, limit=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
operation |
string | None | Operation type (fixed: search_taxon) |
query |
string | 必填 | Partial taxon name to search for (e.g., 'Lachnospiraceae', 'Escherichia', 'Bacillota'). Case-insensitive. |
limit |
integer | None | Maximum number of results per rank (default: 20, max: 100) |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
按 MGI 编号查询小鼠基因详情¶
dnakit.databases.mgi_get_gene(*, gene_id, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
gene_id |
string | 必填 | MGI gene identifier with 'MGI:' prefix. Examples: 'MGI:98834' (Trp53/p53), 'MGI:104537' (Brca1), 'MGI:96677' (Kit), 'MGI:88039' (Apoe), 'MGI:88276' (Braf). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询小鼠基因的突变表型注释¶
dnakit.databases.mgi_get_phenotypes(*, gene_id, limit=None, page=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
gene_id |
string | 必填 | MGI gene identifier with 'MGI:' prefix. Examples: 'MGI:98834' (Trp53), 'MGI:104537' (Brca1), 'MGI:96677' (Kit). |
limit |
integer | None | Number of phenotype annotations to return per page (default: 20, max: 100). |
page |
integer | None | Page number for pagination (default: 1). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
按名称或关键词检索小鼠基因¶
dnakit.databases.mgi_search_genes(*, query, limit=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
query |
string | 必填 | Gene search query: mouse gene symbol (e.g., 'Trp53', 'Brca1', 'Sox9'), gene name keyword (e.g., 'insulin', 'tumor'), or MGI ID (e.g., 'MGI:98834'). |
limit |
integer | None | Maximum number of results to return (default: 10, max: 50). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询微生物基因组质量与分类信息¶
dnakit.databases.mgnify_get_genome(*, genome_id, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
genome_id |
string | 必填 | MGnify genome accession. Examples: 'MGYG000000001', 'MGYG000535630'. |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询宏基因组分析的 GO 功能注释¶
dnakit.databases.mgnify_get_go_terms(*, analysis_id, page_size=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
analysis_id |
string | 必填 | MGnify analysis accession (e.g., 'MGYA00585482'). Find IDs via MGnify_list_analyses. |
page_size |
integer | None | Number of GO terms to return per page (default 25, max 100). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询宏基因组分析的蛋白结构域组成¶
dnakit.databases.mgnify_get_interpro(*, analysis_id, page_size=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
analysis_id |
string | 必填 | MGnify analysis accession (e.g., 'MGYA00585482'). Find IDs via MGnify_list_analyses. |
page_size |
integer | None | Number of InterPro entries to return per page (default 25, max 100). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询 MGnify 宏基因组研究详情¶
dnakit.databases.mgnify_get_study_detail(*, study_accession, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
study_accession |
string | 必填 | MGnify study accession. Examples: 'MGYS00002008', 'MGYS00005292'. |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询宏基因组分类组成与丰度¶
dnakit.databases.mgnify_get_taxonomy(*, analysis_id, rna_type=None, page_size=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
analysis_id |
string | 必填 | MGnify analysis accession (e.g., 'MGYA00585482'). Find IDs via MGnify_list_analyses. |
rna_type |
string | None | rRNA marker type: 'ssu' for 16S/18S (default) or 'lsu' for 23S/28S. |
page_size |
integer | None | Number of taxa to return per page (default 25, max 100). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
列出指定宏基因组研究的分析记录¶
dnakit.databases.mgnify_list_analyses(*, study_accession, size=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
study_accession |
string | 必填 | MGnify study accession, e.g., 'MGYS00000001' |
size |
integer | None | 当前返回页的数量上限;不自动遍历后续页。 |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
浏览宏基因组生境分类¶
dnakit.databases.mgnify_list_biomes(*, depth=None, page=None, page_size=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
depth |
integer | None | Hierarchy depth to filter by (1=root, 2=second level, etc.). |
page |
integer | None | Page number (default 1). |
page_size |
integer | None | Results per page (default 25, max 100). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
检索宏基因组组装与分离株基因组¶
dnakit.databases.mgnify_search_genomes(*, taxonomy=None, page=None, page_size=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
taxonomy |
string | None | GTDB taxonomy lineage filter, matched anywhere in the lineage. Examples: 'Bacteroidota' (phylum), 'Bacteroides' (genus), 'Bacillota', 'Pseudomonadota'. NCBI-style phylum names such as 'Bacteroidetes' or 'Firmicutes' return few or no hits -- use the GTDB spelling. |
page |
integer | None | Page number (default 1). |
page_size |
integer | None | Results per page (default 25, max 100). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
按生境与关键词检索宏基因组研究¶
dnakit.databases.mgnify_search_studies(*, biome=None, search=None, size=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
biome |
string | None | Biome lineage identifier, e.g., 'root:Host-associated' or 'root:Host-associated:Human:Digestive system' |
search |
string | None | Keyword to search in study title/description |
size |
integer | None | 当前返回页的数量上限;不自动遍历后续页。 |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
检索全球植物名称与分类记录¶
dnakit.databases.powo_search_plants(*, q, f=None, perPage=None, cursor=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
q |
string | 必填 | Search query. Can be scientific name, common name, genus, or family. Examples: 'rosa canina', 'orchid', 'Asteraceae', 'oak' |
f |
string | null | None | Filter facets (comma-separated). Common filters: 'species_f:true' (species only), 'accepted_names:true' (only accepted names). Example: 'species_f:true' |
perPage |
integer | null | None | Results per page (default 24, max 500) |
cursor |
string | null | None | Pagination cursor from previous response |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询大鼠基因的疾病、表型与功能注释¶
dnakit.databases.rgd_get_annotations(*, rgd_id, aspect=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
rgd_id |
string | 必填 | RGD gene ID (e.g., '2218' for Brca1) |
aspect |
string | None | Filter by annotation type: 'D' (Disease), 'P' (Pathway), 'W' (Phenotype), 'F' (Function), 'C' (Component), 'E' (Expression). Leave empty for all. |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
按 RGD 编号查询大鼠基因详情¶
dnakit.databases.rgd_get_gene(*, rgd_id, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
rgd_id |
string | 必填 | RGD gene ID (numeric, e.g., '2218' for Brca1). Can include 'RGD:' prefix. |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询大鼠基因的跨物种直系同源关系¶
dnakit.databases.rgd_get_orthologs(*, rgd_id, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
rgd_id |
string | 必填 | RGD gene ID (e.g., '2218' for Brca1) |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询大鼠基因组区间的数量性状位点¶
dnakit.databases.rgd_get_qtls_in_region(*, chromosome, start, stop, map_key, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
chromosome |
string | 必填 | Chromosome name, e.g. '10' or 'chr10'. |
start |
integer | 必填 | Region start coordinate (1-based). |
stop |
integer | 必填 | Region stop coordinate. |
map_key |
integer | 必填 | Assembly map key. 360=rat rn7/GRCr8, 372=rat mRatBN7.2, 38=human GRCh38, 17=human GRCh37, 35=mouse GRCm39, 18=mouse GRCm38. |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
按品系名称查询大鼠品系详情¶
dnakit.databases.rgd_get_strain(*, symbol, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
symbol |
string | 必填 | Exact rat strain symbol (case-insensitive), e.g. 'SHR' (spontaneously hypertensive rat), 'BN' (Brown Norway), 'SS' (Dahl salt-sensitive). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询大鼠品系的疾病与表型注释¶
dnakit.databases.rgd_get_strain_annotations(*, symbol, category=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
symbol |
string | 必填 | Exact rat strain symbol (case-insensitive), e.g. 'SHR', 'BN', 'SS'. |
category |
string | null | None | Optional annotation category filter: 'disease', 'phenotype', 'strain', 'pathway', etc. Omit to return all categories. |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
按名称或关键词检索 RGD 基因¶
dnakit.databases.rgd_search_genes(*, query, species=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
query |
string | 必填 | Gene symbol or keyword (e.g., 'Brca1', 'Tp53', 'insulin') |
species |
string | None | Species to search: 'rat' (default), 'human', 'mouse' |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
按关键词与类型检索大鼠品系¶
dnakit.databases.rgd_search_strains(*, query=None, strain_type=None, limit=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
query |
string | null | None | Keyword to match against strain symbol, name, genetics, and description (case-insensitive substring). Example: 'hypertensive' or 'Dahl'. |
strain_type |
string | null | None | Filter by strain type, e.g. 'inbred', 'congenic', 'transgenic', 'recombinant_inbred', 'consomic'. |
limit |
integer | null | None | Maximum number of strains to return (default 25, max 200). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询酵母基因与基因座概况¶
dnakit.databases.sgd_get_gene(*, sgd_id, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
sgd_id |
string | 必填 | SGD locus identifier. Examples: 'S000000259' (GAL4), 'S000003219' (RMR1), 'S000005564' (ACT1). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询酵母基因的 GO 注释与证据¶
dnakit.databases.sgd_get_go_annotations(*, sgd_id, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
sgd_id |
string | 必填 | SGD locus identifier. Examples: 'S000003219' (RMR1), 'S000005564' (ACT1), 'S000000259' (GAL4). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询酵母基因的遗传与物理互作¶
dnakit.databases.sgd_get_interactions(*, sgd_id, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
sgd_id |
string | 必填 | SGD locus identifier. Examples: 'S000003219' (RMR1), 'S000005564' (ACT1), 'S000000259' (GAL4). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询酵母突变表型与实验条件¶
dnakit.databases.sgd_get_phenotypes(*, sgd_id, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
sgd_id |
string | 必填 | SGD locus identifier. Examples: 'S000003219' (RMR1), 'S000000259' (GAL4), 'S000005564' (ACT1). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
跨数据类型检索酵母数据库¶
dnakit.databases.sgd_search(*, query, category=None, limit=None, offset=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
query |
string | 必填 | Search query string. Examples: 'GAL4', 'cell cycle', 'sporulation'. |
category |
string | None | Filter by category. Options: 'locus', 'reference', 'biological_process', 'molecular_function', 'cellular_component', 'phenotype', 'disease', 'allele', 'complex', 'pathway', 'chemical', 'strain', 'download'. |
limit |
integer | None | Maximum results to return (default 10, max 50). |
offset |
integer | None | Pagination offset (default 0). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询植物形态、生长与繁殖特征¶
dnakit.databases.usda_plants_get_characteristics(*, symbol, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
symbol |
string | 必填 | USDA PLANTS symbol, e.g. 'ABBA', 'ACRU'. |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询植物名称、分类与生活型¶
dnakit.databases.usda_plants_get_profile(*, symbol, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
symbol |
string | 必填 | USDA PLANTS symbol, e.g. 'ABBA' (balsam fir), 'ACRU' (red maple), 'QUAL' (white oak). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询线虫基因的组织与发育表达¶
dnakit.databases.worm_base_get_expression(*, gene_id, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
gene_id |
string | 必填 | WormBase gene identifier. Examples: 'WBGene00006763' (unc-26), 'WBGene00000898' (daf-2). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询秀丽隐杆线虫基因详情¶
dnakit.databases.worm_base_get_gene(*, gene_id, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
gene_id |
string | 必填 | WormBase gene identifier (WBGene format). Examples: 'WBGene00006763' (unc-26), 'WBGene00006789' (unc-52), 'WBGene00000898' (daf-2). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询线虫基因的实验表型¶
dnakit.databases.worm_base_get_phenotypes(*, gene_id, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
gene_id |
string | 必填 | WormBase gene identifier. Examples: 'WBGene00006763' (unc-26), 'WBGene00000898' (daf-2). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询爪蟾基因详情与跨库标识¶
dnakit.databases.xenbase_get_gene(*, gene_id, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
gene_id |
string | 必填 | Xenbase gene ID. Can be with or without 'Xenbase:' prefix. Examples: 'XB-GENE-484286' (tp53, X. tropicalis), 'XB-GENE-6252168' (tp53.L, X. laevis), 'XB-GENE-487192' (pax6, X. tropicalis). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
检索热带爪蟾与非洲爪蟾基因¶
dnakit.databases.xenbase_search_genes(*, query, species=None, limit=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
query |
string | 必填 | Gene symbol or name to search. Examples: 'tp53', 'pax6', 'sox2', 'bmp4', 'wnt3a', 'fgf8'. |
species |
string | None | Optional species filter: 'tropicalis' for X. tropicalis, 'laevis' for X. laevis. Leave empty for both species. |
limit |
integer | None | Maximum number of results to return. Default: 10. |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询斑马鱼基因详情¶
dnakit.databases.zfin_get_gene(*, gene_id, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
gene_id |
string | 必填 | ZFIN gene ID with 'ZFIN:' prefix. Examples: 'ZFIN:ZDB-GENE-990415-8' (pax2a), 'ZFIN:ZDB-GENE-980526-166' (shha/sonic hedgehog a), 'ZFIN:ZDB-GENE-990415-72' (tp53/tumor protein p53), 'ZFIN:ZDB-GENE-030131-7740' (bmp4/bone morphogenetic protein 4). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询斑马鱼基因的发育与组织表达¶
dnakit.databases.zfin_get_gene_expression(*, gene_id, limit=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
gene_id |
string | 必填 | ZFIN gene ID, with or without the 'ZFIN:' prefix. Examples: 'ZFIN:ZDB-GENE-990415-8' (pax2a), 'ZFIN:ZDB-GENE-980526-166' (shha), 'ZFIN:ZDB-GENE-990415-72' (tp53). |
limit |
integer | None | Max annotations to return (default 50, max 100). |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |
查询斑马鱼基因突变表型¶
dnakit.databases.zfin_get_gene_phenotypes(*, gene_id, limit=None, page=None, verbose=True)
| 参数 | 类型 | 必填 / 默认值 | 说明与约束 |
|---|---|---|---|
gene_id |
string | 必填 | ZFIN gene ID with 'ZFIN:' prefix. Examples: 'ZFIN:ZDB-GENE-990415-8' (pax2a), 'ZFIN:ZDB-GENE-990415-72' (tp53), 'ZFIN:ZDB-GENE-980526-166' (shha). |
limit |
integer | None | Maximum number of phenotypes to return (1-100). Default: 20. |
page |
integer | None | Page number for pagination. Default: 1. |
verbose |
bool | True | 运行提示开关。 |