通路、互作、蛋白与结构查询

查询通路、分子互作、蛋白和结构数据。

1) 获取已收录的 AlphaFold 蛋白质结构预测

• 作用： 获取已收录的 AlphaFold 蛋白质结构预测。
• 处理方法： 通过 AlphaFold 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.alphafold_get_prediction(*, qualifier=None, uniprot_id=None, uniprot_accession=None, accession=None, sequence_checksum=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 toolUsed, providerId, entityType, isUniProt 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.alphafold_get_prediction(
    qualifier='P69905',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "toolUsed": "<string>",
    "providerId": "<string>",
    "entityType": "<string>",
    "isUniProt": "<boolean>",
    "modelEntityId": "<string>",
    "modelCreatedDate": "<string>",
    "sequenceVersionDate": "<string>",
    "globalMetricValue": "<number>"
  }
]

完整参数与使用说明

2) 查询实验验证的蛋白质与遗传互作

• 作用： 查询实验验证的蛋白质与遗传互作。
• 处理方法： 通过 BioGRID 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.bio_grid_get_interactions(*, gene_names=None, gene_name=None, organism=None, interaction_type=None, evidence_types=None, limit=None, throughput=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。 需配置：BIOGRID_ACCESS_KEY.
• 输出： 返回以记录键为索引的字典；每条记录包含 BIOGRID_INTERACTION_ID, ENTREZ_GENE_A, ENTREZ_GENE_B, OFFICIAL_SYMBOL_A 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.bio_grid_get_interactions(
    gene_names=['TP53'],
    organism='9606',
    interaction_type='physical',
    limit=10,
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "<record key>": {
    "BIOGRID_INTERACTION_ID": "<integer>",
    "ENTREZ_GENE_A": "<string>",
    "ENTREZ_GENE_B": "<string>",
    "OFFICIAL_SYMBOL_A": "<string>",
    "OFFICIAL_SYMBOL_B": "<string>",
    "SYNONYMS_A": "<string>",
    "SYNONYMS_B": "<string>",
    "EXPERIMENTAL_SYSTEM": "<string>"
  }
}

完整参数与使用说明

3) 检索病原体 B 细胞与 T 细胞表位

• 作用： 检索病原体 B 细胞与 T 细胞表位。
• 处理方法： 通过 BVBRC 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.bvbrc_search_epitopes(*, taxon_id=None, protein_name=None, epitope_type=None, organism=None, limit=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 epitope_id, epitope_type, epitope_sequence, organism 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.bvbrc_search_epitopes(
    taxon_id='2697049',
    protein_name='Spike glycoprotein',
    limit=5,
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "epitope_id": "<string>",
    "epitope_type": "<string>",
    "epitope_sequence": "<string>",
    "organism": "<string>",
    "protein_name": "<string>",
    "start": "<integer>",
    "end": "<integer>",
    "bcell_assays": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

4) 查询基因或蛋白质的 GO 注释

• 作用： 查询基因或蛋白质的 GO 注释。
• 处理方法： 通过 GeneOntology 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.go_get_annotations_for_gene(*, gene_id, rows=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 gene_id。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 document_category, source, bioentity, bioentity_internal_id 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.go_get_annotations_for_gene(
    gene_id='TP53',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "document_category": "<string>",
    "source": "<string>",
    "bioentity": "<string>",
    "bioentity_internal_id": "<string>",
    "bioentity_label": "<string>",
    "bioentity_label_searchable": "<string>",
    "annotation_class": "<string>",
    "annotation_class_label": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

5) 按关键词检索 GO 术语

• 作用： 按关键词检索 GO 术语。
• 处理方法： 通过 GeneOntology 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.go_search_terms(*, query, verbose=True)
• 输入： 必须提供 query。
• 输出： 返回字典，包含 responseHeader, response 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.go_search_terms(
    query='gene:TP53',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "responseHeader": {
    "status": "<integer>",
    "QTime": "<integer>",
    "params": {
      "q": "<string>",
      "fq": "<array>",
      "rows": "<string>",
      "wt": "<string>"
    }
  },
  "response": {
    "numFound": "<integer>",
    "start": "<integer>",
    "docs": [
      "<value>"
    ]
  }
}

完整参数与使用说明

6) 获取组织特异性蛋白互作网络

• 作用： 获取组织特异性蛋白互作网络。
• 处理方法： 通过 HumanBase 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.humanbase_ppi_analysis(*, gene_list=None, tissue=None, max_node=None, interaction=None, string_mode=None, genes=None, top_n=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回字符串。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.humanbase_ppi_analysis(
    gene_list=['TP53', 'BRCA1'],
    tissue='brain',
    max_node=3,
    interaction='co-expression',
    string_mode=True,
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

"<string>"

完整参数与使用说明

7) 查询免疫表位关联的抗原

• 作用： 查询免疫表位关联的抗原。
• 处理方法： 通过 IEDB 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.iedb_get_epitope_antigens(*, structure_id, limit=None, offset=None, order=None, select=None, filters=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 structure_id。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 structure_id, parent_source_antigen_iri 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.iedb_get_epitope_antigens(
    structure_id=2,
    limit=2,
    select=['structure_id', 'parent_source_antigen_iri'],
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "structure_id": "<integer>",
    "parent_source_antigen_iri": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

8) 查询免疫表位的 MHC 限制性关联

• 作用： 查询免疫表位的 MHC 限制性关联。
• 处理方法： 通过 IEDB 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.iedb_get_epitope_mhc(*, structure_id, limit=None, offset=None, order=None, select=None, filters=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 structure_id。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 structure_id, elution_id 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.iedb_get_epitope_mhc(
    structure_id=2,
    limit=2,
    select=['structure_id', 'elution_id'],
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "structure_id": "<integer>",
    "elution_id": "<integer>"
  }
]

完整参数与使用说明

9) 检索 B 细胞表位实验记录

• 作用： 检索 B 细胞表位实验记录。
• 处理方法： 通过 IEDB 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.iedb_search_bcell(*, limit=None, offset=None, order=None, select=None, filters=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 bcell_id, structure_id, assay_description, reference_id 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.iedb_search_bcell(
    limit=2,
    select=['bcell_id', 'structure_id', 'assay_description', 'reference_id'],
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "bcell_id": "<integer>",
    "structure_id": "<integer>",
    "assay_description": "<string>",
    "reference_id": "<integer>"
  }
]

完整参数与使用说明

10) 检索免疫表位及其结构编号

• 作用： 检索免疫表位及其结构编号。
• 处理方法： 通过 IEDB 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.iedb_search_epitopes(*, sequence_contains=None, structure_type=None, limit=None, offset=None, order=None, select=None, filters=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 structure_id, structure_type, linear_sequence 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.iedb_search_epitopes(
    sequence_contains='KVF',
    structure_type='Linear peptide',
    limit=2,
    select=['structure_id', 'structure_type', 'linear_sequence'],
    order='structure_id.asc',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "structure_id": "<integer>",
    "structure_type": "<string>",
    "linear_sequence": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

11) 检索 MHC 相关实验记录

• 作用： 检索 MHC 相关实验记录。
• 处理方法： 通过 IEDB 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.iedb_search_mhc(*, limit=None, offset=None, order=None, select=None, filters=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 structure_id, mhc_restriction, mhc_class, mhc_allele_resolution 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

example_select = ['structure_id',
 'mhc_restriction',
 'mhc_class',
 'mhc_allele_resolution',
 'reference_id']

result = dnakit.databases.iedb_search_mhc(
    limit=2,
    select=example_select,
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "structure_id": "<integer>",
    "mhc_restriction": "<string>",
    "mhc_class": "<string>",
    "mhc_allele_resolution": "<string>",
    "reference_id": "<integer>"
  }
]

完整参数与使用说明

12) 检索 T 细胞免疫反应实验

• 作用： 检索 T 细胞免疫反应实验。
• 处理方法： 通过 IEDB 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.iedb_search_tcell_assays(*, sequence=None, sequence_contains=None, mhc_class=None, qualitative_measure=None, limit=None, offset=None, select=None, filters=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 tcell_id, linear_sequence, structure_type, mhc_restriction 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

example_select = ['tcell_id',
 'linear_sequence',
 'mhc_restriction',
 'qualitative_measure',
 'pubmed_id']

result = dnakit.databases.iedb_search_tcell_assays(
    sequence='GILGFVFTL',
    limit=3,
    select=example_select,
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "tcell_id": "<integer>",
    "linear_sequence": "<string>",
    "structure_type": "<string>",
    "mhc_restriction": "<string>",
    "mhc_class": "<string>",
    "qualitative_measure": "<string>",
    "pubmed_id": "<string>",
    "journal_name": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

13) 查询免疫遗传学资源与基因命名规则

• 作用： 查询免疫遗传学资源与基因命名规则。
• 处理方法： 通过 IMGT 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.imgt_get_gene_info(*, operation=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回字典，包含 status, data 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.imgt_get_gene_info(
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "status": "<string>",
  "data": "<object>"
}

完整参数与使用说明

14) 定位免疫球蛋白与 TCR 胚系基因检索入口

• 作用： 定位免疫球蛋白与 TCR 胚系基因检索入口。
• 处理方法： 通过 IMGT 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.imgt_search_genes(*, operation=None, query=None, gene_type=None, species=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回字典，包含 status, data 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.imgt_search_genes(
    gene_type='IGHV',
    species='Homo sapiens',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "status": "<string>",
  "data": "<object>"
}

完整参数与使用说明

15) 按疾病与实验方法检索免疫学研究

• 作用： 按疾病与实验方法检索免疫学研究。
• 处理方法： 通过 ImmPort 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.imm_port_search_studies(*, query, condition_or_disease=None, assay_method=None, research_focus=None, species=None, limit=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 query。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 study_accession, title, brief_description, condition_or_disease 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.imm_port_search_studies(
    query='influenza vaccine',
    species='Homo sapiens',
    limit=3,
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "study_accession": "<string>",
    "title": "<string>",
    "brief_description": "<string>",
    "condition_or_disease": [
      "<value>"
    ],
    "research_focus": [
      "<value>"
    ],
    "species": [
      "<value>"
    ],
    "assay_methods": [
      "<value>"
    ],
    "assay_method_counts": [
      "<value>"
    ]
  }
]

完整参数与使用说明

16) 查询蛋白质复合物组成与功能

• 作用： 查询蛋白质复合物组成与功能。
• 处理方法： 通过 IntAct 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.intact_get_complex_details(*, complex_ac, format=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 complex_ac。
• 输出： 返回字典，包含 complexAc, name, systematicName, synonyms 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.intact_get_complex_details(
    complex_ac='CPX-915',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "complexAc": "<string>",
  "name": "<string>",
  "systematicName": "<string>",
  "synonyms": [
    "<string>"
  ],
  "functions": [
    "<string>"
  ],
  "properties": [
    "<string>"
  ],
  "ac": "<string>",
  "species": "<string>"
}

完整参数与使用说明

17) 查询以指定蛋白质为中心的互作网络

• 作用： 查询以指定蛋白质为中心的互作网络。
• 处理方法： 通过 IntAct 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.intact_get_interaction_network(*, identifier=None, uniprot_id=None, protein_id=None, gene_symbol=None, gene_name=None, depth=None, limit=None, size=None, format=None, protein_name=None, protein=None, gene=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回“查询以指定蛋白质为中心的互作网络”的列表；元素结构见下方示例。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.intact_get_interaction_network(
    identifier='P04637',
    depth=1,
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  "<value>"
]

完整参数与使用说明

18) 查询指定蛋白质或基因的互作记录

• 作用： 查询指定蛋白质或基因的互作记录。
• 处理方法： 通过 IntAct 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.intact_get_interactions(*, identifier, format=None, size=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 identifier。
• 输出： 返回“查询指定蛋白质或基因的互作记录”的列表；元素结构见下方示例。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.intact_get_interactions(
    identifier='P04637',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  "<value>"
]

完整参数与使用说明

19) 按关键词检索 IntAct 分子互作

• 作用： 按关键词检索 IntAct 分子互作。
• 处理方法： 通过 IntAct 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.intact_search_interactions(*, query, first=None, max=None, format=None, species=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 query。
• 输出： 返回“按关键词检索 IntAct 分子互作”的列表；元素结构见下方示例。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.intact_search_interactions(
    query='P04637',
    max=10,
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  "<value>"
]

完整参数与使用说明

20) 查询蛋白质关联的结构域与家族条目

• 作用： 查询蛋白质关联的结构域与家族条目。
• 处理方法： 通过 InterProEntry 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.inter_pro_get_entries_for_protein(*, accession, verbose=True)
• 输入： 必须提供 accession。
• 输出： 返回字典，包含 protein_accession, total_entries, entries 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.inter_pro_get_entries_for_protein(
    accession='P04637',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "protein_accession": "<string>",
  "total_entries": "<integer>",
  "entries": [
    {
      "accession": "<string>",
      "name": "<string>",
      "type": "<string>",
      "source_database": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

21) 查询蛋白质结构域与功能注释

• 作用： 查询蛋白质结构域与功能注释。
• 处理方法： 通过 InterPro 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.inter_pro_get_protein_domains(*, protein_id=None, accession=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 metadata, proteins 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.inter_pro_get_protein_domains(
    protein_id='P04637',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "metadata": {
      "accession": "<string>",
      "name": "<string>",
      "source_database": "<string>",
      "type": "<string>",
      "integrated": "<null>",
      "member_databases": "<object>",
      "go_terms": "<array>"
    },
    "proteins": [
      "<object>"
    ]
  }
]

完整参数与使用说明

22) 按关键词与物种检索 KEGG 基因

• 作用： 按关键词与物种检索 KEGG 基因。
• 处理方法： 通过 KEGGFindGenes 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.kegg_find_genes(*, keyword=None, organism=None, query=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 gene_id, description 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.kegg_find_genes(
    keyword='insulin',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "gene_id": "<string>",
    "description": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

23) 查询 KEGG 基因序列、功能与通路

• 作用： 查询 KEGG 基因序列、功能与通路。
• 处理方法： 通过 KEGGGetGeneInfo 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.kegg_get_gene_info(*, gene_id, verbose=True)
• 输入： 必须提供 gene_id。
• 输出： 返回字典，包含 status, data, url 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.kegg_get_gene_info(
    gene_id='hsa:348',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "status": "<string>",
  "data": {
    "gene_id": "<string>",
    "raw_data": "<string>",
    "line_count": "<integer>"
  },
  "url": "<string>"
}

完整参数与使用说明

24) 查询基因参与的 KEGG 通路

• 作用： 查询基因参与的 KEGG 通路。
• 处理方法： 通过 KEGGExt 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.kegg_get_gene_pathways(*, gene_id=None, gene_symbol=None, gene=None, organism=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回字典，包含 gene_id, pathway_count, pathways 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.kegg_get_gene_pathways(
    gene_id='hsa:7157',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "gene_id": "<string>",
  "pathway_count": "<integer>",
  "pathways": [
    {
      "pathway_id": "<string>",
      "pathway_name": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

25) 列出 KEGG 通路中的成员基因

• 作用： 列出 KEGG 通路中的成员基因。
• 处理方法： 通过 KEGGExt 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.kegg_get_pathway_genes(*, pathway_id, verbose=True)
• 输入： 必须提供 pathway_id。
• 输出： 返回字典，包含 pathway_id, pathway_name, gene_count, genes 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.kegg_get_pathway_genes(
    pathway_id='hsa04115',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "pathway_id": "<string>",
  "pathway_name": "<string>",
  "gene_count": "<integer>",
  "genes": [
    "<string>"
  ]
}

完整参数与使用说明

26) 查询 KEGG 通路的基因、化合物与反应

• 作用： 查询 KEGG 通路的基因、化合物与反应。
• 处理方法： 通过 KEGGGetPathwayInfo 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.kegg_get_pathway_info(*, pathway_id, verbose=True)
• 输入： 必须提供 pathway_id。
• 输出： 返回字典，包含 status, data, url 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.kegg_get_pathway_info(
    pathway_id='hsa00010',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "status": "<string>",
  "data": {
    "pathway_id": "<string>",
    "raw_data": "<string>",
    "line_count": "<integer>"
  },
  "url": "<string>"
}

完整参数与使用说明

27) 按关键词检索 KEGG 通路

• 作用： 按关键词检索 KEGG 通路。
• 处理方法： 通过 KEGGSearchPathway 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.kegg_search_pathway(*, keyword, verbose=True)
• 输入： 必须提供 keyword。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 pathway_id, description 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.kegg_search_pathway(
    keyword='diabetes',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "pathway_id": "<string>",
    "description": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

28) 按编号查询 NCBI 蛋白质记录摘要

• 作用： 按编号查询 NCBI 蛋白质记录摘要。
• 处理方法： 通过 Base 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.ncbiprotein_get_summary(*, id, verbose=True)
• 输入： 必须提供 id。
• 输出： 返回字典，包含 result 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.ncbiprotein_get_summary(
    id='119395750',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "result": {
    "uids": [
      "<string>"
    ]
  }
}

完整参数与使用说明

29) 查询 PANTHER 跨物种直系同源基因

• 作用： 查询 PANTHER 跨物种直系同源基因。
• 处理方法： 通过 PANTHER 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.panther_ortholog(*, gene_id, organism=None, target_organism=None, ortholog_type=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 gene_id。
• 输出： 返回字典，包含 gene_id, source_organism, target_organism, ortholog_type 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.panther_ortholog(
    gene_id='P04637',
    organism=9606,
    target_organism=10090,
    ortholog_type='LDO',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "gene_id": "<string>",
  "source_organism": "<integer>",
  "target_organism": "<integer>",
  "ortholog_type": "<string>",
  "mapping": {
    "source_gene": "<string>",
    "target_gene": "<string>",
    "target_gene_symbol": "<string>",
    "ortholog_type": "<string>",
    "persistent_id": "<string>",
    "target_persistent_id": "<string>"
  },
  "mappings": [
    {
      "source_gene": "<string>",
      "target_gene": "<string>",
      "target_gene_symbol": "<string>",
      "ortholog_type": "<string>",
      "persistent_id": "<string>",
      "target_persistent_id": "<string>"
    }
  ],
  "total_mappings": "<integer>"
}

完整参数与使用说明

30) 读取 PDB 结构坐标文件文本

• 作用： 读取 PDB 结构坐标文件文本。
• 处理方法： 通过 API 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.pdb_get_structure(*, pdb_id, format='cif', max_bytes=10000000, verbose=True)
• 输入： 必须提供 pdb_id。
• 输出： 字典含 pdb_id、format、data（坐标文件文本）、url、sha256；不写入磁盘。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.pdb_get_structure(
    pdb_id='1CRN',
    format='cif',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 字典含 pdb_id、format、data（坐标文件文本）、url、sha256；不写入磁盘。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "pdb_id": "<str>",
  "format": "<str>",
  "data": "<coordinate-file text>",
  "url": "<str>",
  "sha256": "<str>"
}

完整参数与使用说明

31) 映射 PDB 链与 UniProt 残基区间

• 作用： 映射 PDB 链与 UniProt 残基区间。
• 处理方法： 通过 Base 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.pdbe_get_uniprot_mappings(*, pdb_id=None, uniprot_id=None, limit=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回以记录键为索引的字典；每条记录包含 UniProt 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.pdbe_get_uniprot_mappings(
    pdb_id='4hhb',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "<record key>": {
    "UniProt": {
      "<record key>": "<object>"
    }
  }
}

完整参数与使用说明

32) 按覆盖度与分辨率筛选蛋白质结构

• 作用： 按覆盖度与分辨率筛选蛋白质结构。
• 处理方法： 通过 PDBeSIFTS 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.pdbe_sifts_get_best_structures(*, uniprot_accession, limit=None, offset=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 uniprot_accession。
• 输出： 返回字典，包含 uniprot_accession, structures, total_structures, returned_structures 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.pdbe_sifts_get_best_structures(
    uniprot_accession='P04637',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "uniprot_accession": "<string>",
  "structures": [
    {
      "pdb_id": "<string>",
      "chain_id": "<string>",
      "uniprot_start": "<integer>",
      "uniprot_end": "<integer>",
      "resolution": "<number>",
      "experimental_method": "<string>",
      "coverage": "<number>",
      "tax_id": "<integer>"
    }
  ],
  "total_structures": "<integer>",
  "returned_structures": "<integer>",
  "offset": "<integer>",
  "note": "<string>"
}

完整参数与使用说明

33) 查询蛋白质 Pfam 结构域与位置

• 作用： 查询蛋白质 Pfam 结构域与位置。
• 处理方法： 通过 Pfam 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.pfam_get_protein_annotations(*, accession, verbose=True)
• 输入： 必须提供 accession。
• 输出： 返回字典，包含 accession, protein_length, domain_count, domains 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.pfam_get_protein_annotations(
    accession='P04637',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "accession": "<string>",
  "protein_length": "<integer>",
  "domain_count": "<integer>",
  "domains": [
    {
      "pfam_accession": "<string>",
      "name": "<string>",
      "short_name": "<string>",
      "type": "<string>",
      "integrated_interpro": "<string>",
      "start": "<integer>",
      "end": "<integer>",
      "score": "<number>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

34) 查询植物通路的反应与注释

• 作用： 查询植物通路的反应与注释。
• 处理方法： 通过 PlantReactome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.plant_reactome_get_pathway(*, pathway_id, verbose=True)
• 输入： 必须提供 pathway_id。
• 输出： 返回字典，包含 stId, displayName, speciesName, isInDisease 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.plant_reactome_get_pathway(
    pathway_id='R-OSA-1119312',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "stId": "<string>",
  "displayName": "<string>",
  "speciesName": "<string>",
  "isInDisease": "<boolean>",
  "isInferred": "<boolean>",
  "hasEvent": [
    "<value>"
  ],
  "compartment": [
    "<value>"
  ],
  "goBiologicalProcess": "<object>"
}

完整参数与使用说明

35) 列出植物通路数据库覆盖的物种

• 作用： 列出植物通路数据库覆盖的物种。
• 处理方法： 通过 PlantReactome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.plant_reactome_list_species(*, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 dbId, displayName, taxId, abbreviation 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.plant_reactome_list_species(
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "dbId": "<integer>",
    "displayName": "<string>",
    "taxId": "<string>",
    "abbreviation": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

36) 检索植物代谢与调控通路

• 作用： 检索植物代谢与调控通路。
• 处理方法： 通过 PlantReactome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.plant_reactome_search_pathways(*, query, species=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 query。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 stId, name, species, exact_type 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.plant_reactome_search_pathways(
    query='photosynthesis',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "stId": "<string>",
    "name": "<string>",
    "species": "<string>",
    "exact_type": "<string>",
    "compartment_names": [
      "<value>"
    ]
  }
]

完整参数与使用说明

37) 查询蛋白质序列特征与修饰位点

• 作用： 查询蛋白质序列特征与修饰位点。
• 处理方法： 通过 ProteinsAPI 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.proteins_api_get_features(*, accession, format=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 accession。
• 输出： 返回“查询蛋白质序列特征与修饰位点”的列表；元素结构见下方示例。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.proteins_api_get_features(
    accession='P05067',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  "<value>"
]

完整参数与使用说明

38) 按基因、蛋白名称或编号检索蛋白质

• 作用： 按基因、蛋白名称或编号检索蛋白质。
• 处理方法： 通过 ProteinsAPI 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.proteins_api_search(*, query=None, size=None, offset=None, format=None, gene_symbol=None, gene=None, reviewed=None, organism=None, taxid=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回“按基因、蛋白名称或编号检索蛋白质”的列表；元素结构见下方示例。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.proteins_api_search(
    query='BRCA1',
    size=5,
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  "<value>"
]

完整参数与使用说明

39) 查询基因产物的 GO 注释与证据代码

• 作用： 查询基因产物的 GO 注释与证据代码。
• 处理方法： 通过 QuickGO 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.quick_go_annotations_by_gene(*, gene_product_id, aspect=None, taxon_id=None, limit=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 gene_product_id。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 go_id, go_name, go_aspect, gene_product_id 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.quick_go_annotations_by_gene(
    gene_product_id='UniProtKB:P04637',
    limit=10,
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "go_id": "<string>",
    "go_name": "<string>",
    "go_aspect": "<string>",
    "gene_product_id": "<string>",
    "symbol": "<string>",
    "qualifier": "<string>",
    "go_evidence": "<string>",
    "assigned_by": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

40) 查询 PDB 结构实验方法与元数据

• 作用： 查询 PDB 结构实验方法与元数据。
• 处理方法： 通过 RCSBData 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.rcsbdata_get_entry(*, pdb_id=None, entry_id=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。 参数组至少选一组：pdb_id / entry_id。
• 输出： 返回字典，包含 pdb_id, title, method, resolution 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.rcsbdata_get_entry(
    pdb_id='4HHB',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "pdb_id": "<string>",
  "title": "<string>",
  "method": "<string>",
  "resolution": "<number>",
  "deposit_date": "<string>",
  "release_date": "<string>",
  "revision_date": "<string>",
  "polymer_entity_count": "<integer>"
}

完整参数与使用说明

41) 检索 Reactome 通路、反应与生物实体

• 作用： 检索 Reactome 通路、反应与生物实体。
• 处理方法： 通过 ReactomeContent 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.reactome_content_search(*, query, species=None, types=None, rows=None, start=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 query。
• 输出： 返回字典，包含 query, species, count, total_results 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.reactome_content_search(
    query='apoptosis',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "query": "<string>",
  "species": "<string>",
  "count": "<integer>",
  "total_results": "<integer>",
  "start": "<integer>",
  "has_more": "<boolean>",
  "results": [
    {
      "type": "<string>",
      "stId": "<string>",
      "name": "<string>",
      "species": "<array>",
      "is_disease": "<boolean>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

42) 查询生物反应的参与分子与复合物

• 作用： 查询生物反应的参与分子与复合物。
• 处理方法： 通过 Reactome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.reactome_get_participants(*, stId, verbose=True)
• 输入： 必须提供 stId。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 peDbId, displayName, schemaClass, refEntities 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.reactome_get_participants(
    stId='R-HSA-111289',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "peDbId": "<integer>",
    "displayName": "<string>",
    "schemaClass": "<string>",
    "refEntities": [
      "<object>"
    ]
  }
]

完整参数与使用说明

43) 查询 Reactome 通路完整信息

• 作用： 查询 Reactome 通路完整信息。
• 处理方法： 通过 Reactome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.reactome_get_pathway(*, stId, verbose=True)
• 输入： 必须提供 stId。
• 输出： 返回字典，包含 dbId, displayName, stId, stIdVersion 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.reactome_get_pathway(
    stId='R-HSA-73817',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "dbId": "<integer>",
  "displayName": "<string>",
  "stId": "<string>",
  "stIdVersion": "<string>",
  "isInDisease": "<boolean>",
  "isInferred": "<boolean>",
  "maxDepth": "<integer>",
  "name": [
    "<string>"
  ]
}

完整参数与使用说明

44) 列出通路包含的反应与子通路

• 作用： 列出通路包含的反应与子通路。
• 处理方法： 通过 Reactome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.reactome_get_pathway_reactions(*, stId, verbose=True)
• 输入： 必须提供 stId。
• 输出： 返回“列出通路包含的反应与子通路”的列表；元素结构见下方示例。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.reactome_get_pathway_reactions(
    stId='R-HSA-73817',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  "<integer>"
]

完整参数与使用说明

45) 将 UniProt 蛋白映射到 Reactome 通路

• 作用： 将 UniProt 蛋白映射到 Reactome 通路。
• 处理方法： 通过 Reactome 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.reactome_map_uniprot_to_pathways(*, uniprot_id=None, id=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 dbId, displayName, stId, stIdVersion 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.reactome_map_uniprot_to_pathways(
    uniprot_id='P04637',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "dbId": "<integer>",
    "displayName": "<string>",
    "stId": "<string>",
    "stIdVersion": "<string>",
    "isInDisease": "<boolean>",
    "isInferred": "<boolean>",
    "maxDepth": "<integer>",
    "name": [
      "<string>"
    ]
  }
]

完整参数与使用说明

46) 查询 STRING 蛋白质综合功能注释

• 作用： 查询 STRING 蛋白质综合功能注释。
• 处理方法： 通过 STRINGExt 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.string_get_functional_annotations(*, identifiers, species=None, category=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 identifiers。
• 输出： 返回字典，包含 identifiers, species, total_annotations, category_summary 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.string_get_functional_annotations(
    identifiers='TP53',
    species=9606,
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "identifiers": "<string>",
  "species": "<integer>",
  "total_annotations": "<integer>",
  "category_summary": "<object>",
  "annotations": "<object>"
}

完整参数与使用说明

47) 查询蛋白质互作伙伴与置信度

• 作用： 查询蛋白质互作伙伴与置信度。
• 处理方法： 通过 Base 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.string_get_interaction_partners(*, identifiers=None, species=None, limit=None, required_score=None, protein_ids=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 stringId_A, stringId_B, preferredName_A, preferredName_B 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.string_get_interaction_partners(
    identifiers='TP53',
    species=9606,
    limit=10,
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "stringId_A": "<string>",
    "stringId_B": "<string>",
    "preferredName_A": "<string>",
    "preferredName_B": "<string>",
    "ncbiTaxonId": "<string>",
    "score": "<number>",
    "nscore": "<number>",
    "fscore": "<number>"
  }
]

完整参数与使用说明

48) 构建查询蛋白及其邻居的互作网络

• 作用： 构建查询蛋白及其邻居的互作网络。
• 处理方法： 通过 Base 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.string_get_network(*, identifiers=None, species=None, limit=None, required_score=None, protein_ids=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 stringId_A, stringId_B, preferredName_A, preferredName_B 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.string_get_network(
    identifiers='TP53',
    species=9606,
    limit=5,
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "stringId_A": "<string>",
    "stringId_B": "<string>",
    "preferredName_A": "<string>",
    "preferredName_B": "<string>",
    "ncbiTaxonId": "<string>",
    "score": "<number>",
    "nscore": "<number>",
    "fscore": "<number>"
  }
]

完整参数与使用说明

49) 检验蛋白质集合的互作富集程度

• 作用： 检验蛋白质集合的互作富集程度。
• 处理方法： 通过 STRING 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.string_ppi_enrichment(*, protein_ids, species=None, confidence_score=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 protein_ids。
• 输出： 返回字典，包含 number_of_nodes, number_of_edges, expected_number_of_edges, p_value 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.string_ppi_enrichment(
    protein_ids=['TP53', 'MDM2', 'ATM', 'CHEK2', 'BRCA1', 'BRCA2'],
    species=9606,
    confidence_score=0.4,
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "number_of_nodes": "<integer>",
  "number_of_edges": "<integer>",
  "expected_number_of_edges": "<number>",
  "p_value": "<number>",
  "avg_node_degree": "<number>",
  "local_clustering_coefficient": "<number>"
}

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50) 逐残基标注结合界面、口袋与溶剂暴露

• 作用： 逐残基标注结合界面、口袋与溶剂暴露。
• 处理方法： 通过 StructureAnnotation 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.structure_annotate_per_residue(*, operation=None, pdb_id=None, pdb_content=None, target_chain=None, partner_chains=None, ligand_resnames=None, distance_cutoff=None, core_rsa_cutoff=None, include_secondary_structure=None, verbose=True)
• 输入： 按示例选择查询条件；可选参数使用接口默认值。
• 输出： 返回字典，包含 status, pdb_id, target_chain, partner_chains 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.structure_annotate_per_residue(
    operation='annotate_per_residue',
    pdb_id='1CRN',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "status": "<string>",
  "pdb_id": "<string>",
  "target_chain": "<string>",
  "partner_chains": [
    "<string>"
  ],
  "ligand_resnames": [
    "<string>"
  ],
  "distance_cutoff": "<number>",
  "core_rsa_cutoff": "<number>",
  "n_residues": "<integer>"
}

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51) 提取 UniProt 蛋白质变异与相关注释

• 作用： 提取 UniProt 蛋白质变异与相关注释。
• 处理方法： 通过 UniProt 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.uni_prot_get_disease_variants_by_accession(*, accession, verbose=True)
• 输入： 必须提供 accession。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 type, location, description, featureId 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.uni_prot_get_disease_variants_by_accession(
    accession='P04637',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "type": "<string>",
    "location": {
      "start": "<object>",
      "end": "<object>"
    },
    "description": "<string>",
    "featureId": "<string>",
    "alternativeSequence": {
      "originalSequence": "<string>",
      "alternativeSequences": "<array>"
    },
    "featureCrossReferences": [
      "<object>"
    ],
    "evidences": [
      "<object>"
    ]
  }
]

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52) 按编号读取完整 UniProt 条目

• 作用： 按编号读取完整 UniProt 条目。
• 处理方法： 通过 UniProt 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.uni_prot_get_entry_by_accession(*, accession, compact=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 accession。
• 输出： 返回字典，包含 entryType, primaryAccession, uniProtkbId, protein_name 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.uni_prot_get_entry_by_accession(
    accession='P04637',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "entryType": "<string>",
  "primaryAccession": "<string>",
  "uniProtkbId": "<string>",
  "protein_name": "<string>",
  "gene_names": [
    "<string>"
  ],
  "organism": {
    "scientificName": "<string>",
    "commonName": "<string>",
    "taxonId": "<integer>",
    "lineage": [
      "<string>"
    ]
  },
  "sequence": {
    "value": "<string>",
    "length": "<integer>",
    "molWeight": "<integer>",
    "crc64": "<string>",
    "md5": "<string>"
  },
  "annotationScore": "<number>"
}

完整参数与使用说明

53) 提取蛋白质结构域、活性位点与序列特征

• 作用： 提取蛋白质结构域、活性位点与序列特征。
• 处理方法： 通过 UniProt 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.uni_prot_get_features_by_accession(*, accession, verbose=True)
• 输入： 必须提供 accession。
• 输出： 返回记录列表；每条记录包含 type, location, description 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.uni_prot_get_features_by_accession(
    accession='P04637',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  {
    "type": "<string>",
    "location": "<object>",
    "description": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

54) 提取 UniProt 蛋白质功能注释

• 作用： 提取 UniProt 蛋白质功能注释。
• 处理方法： 通过 UniProt 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.uni_prot_get_function_by_accession(*, accession, verbose=True)
• 输入： 必须提供 accession。
• 输出： 返回“提取 UniProt 蛋白质功能注释”的列表；元素结构见下方示例。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.uni_prot_get_function_by_accession(
    accession='P04637',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

[
  "<string>"
]

完整参数与使用说明

55) 提取 UniProt 标准蛋白质序列

• 作用： 提取 UniProt 标准蛋白质序列。
• 处理方法： 通过 UniProt 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.uni_prot_get_sequence_by_accession(*, accession, verbose=True)
• 输入： 必须提供 accession。
• 输出： 返回字符串。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.uni_prot_get_sequence_by_accession(
    accession='P04637',
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

"<string>"

完整参数与使用说明

56) 按组合检索式查询 UniProt 蛋白质

• 作用： 按组合检索式查询 UniProt 蛋白质。
• 处理方法： 通过 UniProt 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.uni_prot_search(*, query, organism=None, limit=None, min_length=None, max_length=None, fields=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 query。
• 输出： 返回字典，包含 total_results, returned, results, normalization_note 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.uni_prot_search(
    query='gene:TP53',
    organism='homo sapiens',
    limit=5,
    min_length=0,
    max_length=10000,
    fields=[],
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "total_results": "<integer>",
  "returned": "<integer>",
  "results": [
    {
      "accession": "<string>",
      "id": "<string>",
      "protein_name": "<string>",
      "gene_names": "<array>",
      "organism": "<string>",
      "length": "<integer>"
    }
  ],
  "normalization_note": "<string>"
}

完整参数与使用说明

57) 按通路标题检索 WikiPathways

• 作用： 按通路标题检索 WikiPathways。
• 处理方法： 通过 WikiPathwaysSearch 按输入条件检索或提交请求，并解析响应。
• API： dnakit.databases.wiki_pathways_search(*, query, organism=None, limit=None, verbose=True)
• 输入： 必须提供 query。
• 输出： 返回字典，包含 status, data, metadata 等字段。
• 示例代码：

import dnakit

result = dnakit.databases.wiki_pathways_search(
    query='apoptosis',
    organism='Homo sapiens',
    limit=3,
    verbose=False,
)
print(result)

• 示例结果： 返回结构如下，实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选；<…> 表示类型占位符，非本次查询的实测数据。

{
  "status": "success",
  "data": [
    {
      "wpid": "<str>",
      "uri": "<str>",
      "title": "<str>",
      "organism": "<str>"
    }
  ],
  "metadata": {
    "query": "<str>",
    "count": "<int>",
    "backend": "WikiPathways SPARQL"
  }
}

完整参数与使用说明