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原始 DNA 的基因名称与区间注释

将基因组 DNA 映射到物种参考序列,返回重叠的基因;安装与详细约定见FAQ:详细说明。

1) 基因名称与区间注释

  • 作用: 返回基因名称、ID、方向及其在输入序列中的区间。
  • 处理方法: 用 minimap2 比对基因组 DNA,再将参考 GFF3 的已有基因注释映射到输入序列。
  • API: dnakit.annotation.annotate_genes(sequence, *, species, assembly=None, sequence_id="query", config=None, ...)
  • 输入: 一条基因组 DNA 和物种名或 TaxID;需要外部程序 minimap2,首次调用可能下载参考。适用于已有参考注释映射,不用于从头预测或拼接后的转录本。
  • 输出: 返回 GeneAnnotationResult,示例展示 reference、gene_records、segments。
  • 示例代码:
from dnakit.annotation import GeneAnnotationConfig, annotate_genes
from dnakit.io import read

with read("query.fasta", format="fasta") as source:
    record = next(iter(source))

result = annotate_genes(
    record.sequence.symbols,
    species="Homo sapiens",  # 也接受 NCBI TaxID,例如 9606
    assembly=None,
    sequence_id=record.id,
    config=GeneAnnotationConfig(
        cache_dir=".dnakit/gene_annotation",
        threads=4,
    ),
)
print(result.reference["assembly"])
for gene in result.gene_records:
    print(gene.to_dict())
for segment in result.segments:
    print(segment.to_dict())
  • 示例结果: 实际参考组装、基因记录及 gene / intergenic / unknown 分段;内容由 query.fasta 和参考决定,缺失名称为 null。Python 区间为 0-based 半开,to_dict() 与 CLI JSON 为 1-based 闭区间。

2) 按基因符号或 GeneID 查询基因记录

  • 作用: 获取 NCBI Gene 的基因标识、摘要或产物报告,解析基因查询目标。
  • 计算方法: 使用 NCBI Datasets 查询基因,并按报告类型整理为 QueryResult。
  • API: dnakit.search.gene(query[必须], taxon[可选], by[可选], report[可选], gene_types[可选], page_size[可选], page_token[可选], config[可选], verbose[可选])
  • 输入: GeneID 或基因符号;基因符号查询必须提供 taxon。可选匹配方式、报告类型、基因类型、分页和 SearchConfig。需要联网。
  • 输出: 返回 QueryResult,包含查询记录 records、数据源 provider 和分页信息。
  • 示例代码:
from dnakit.search import SearchConfig, gene

config = SearchConfig(timeout=30, max_response_bytes=20_000_000, max_records=100)
result = gene("BRCA2", taxon="human", report="product", page_size=5, config=config, verbose=False)
print(result.query_type, result.provider, len(result.records))
  • 示例结果: 以下为返回格式,未执行联网查询;实际记录数由在线数据库决定。
gene NCBI Datasets <返回记录数>

3) 按基因查询转录本模型

  • 作用: 按基因名称或标识获取 Ensembl 转录本模型及关联注释。
  • 计算方法: 解析 Ensembl 查询标识,并根据 expand 参数获取展开的转录本信息。
  • API: dnakit.search.transcripts(query[必须], species[可选], by[可选], expand[可选], config[可选], verbose[可选])
  • 输入: 基因名称或标识;可选物种、匹配方式、是否展开和 SearchConfig。需要联网。
  • 输出: 返回 QueryResult,包含查询记录 records、数据源 provider 和分页信息。
  • 示例代码:
from dnakit.search import transcripts

result = transcripts("BRCA2", species="human", verbose=False)
print(result.query_type, result.provider, len(result.records))
  • 示例结果: 以下为返回格式,未执行联网查询;实际记录数由在线数据库决定。
transcripts Ensembl <返回记录数>

4) 查询基因组区间的注释特征

  • 作用: 获取与指定区域重叠的基因等注释特征,用于区域注释。
  • 计算方法: 转换 DNAKit 区间坐标,查询 Ensembl overlap 接口并保留坐标信息。
  • API: dnakit.search.annotation(species[必须], region[必须], features[可选], strand[可选], biotype[可选], config[可选], verbose[可选])
  • 输入: 物种和 0-based 半开 区间;可选特征类型、链方向、biotype 和 SearchConfig。需要联网。
  • 输出: 返回 QueryResult,包含查询记录 records、数据源 provider 和分页信息。
  • 示例代码:
from dnakit.search import annotation

result = annotation("human", "13:32315000-32320000", verbose=False)
print(result.query_type, result.provider, len(result.records))
  • 示例结果: 以下为返回格式,未执行联网查询;实际记录数由在线数据库决定。
annotation Ensembl <返回记录数>

5) 查询 UCSC 轨道的区间命中

  • 作用: 获取指定 UCSC 轨道与基因组区间重叠的记录,例如 CpG 岛。
  • 计算方法: 按 genome、track 和区域调用 UCSC API,将轨道命中整理为 QueryResult。
  • API: dnakit.search.ucsc_track_data(genome[必须], track[必须], region[必须], max_items[可选], config[可选], verbose[可选])
  • 输入: UCSC genome 名称、轨道名称和 0-based 半开 区间;可选返回上限 max_items 和 SearchConfig。需要联网。
  • 输出: 返回 QueryResult,包含查询记录 records、数据源 provider 和分页信息。
  • 示例代码:
from dnakit.search import ucsc_track_data

result = ucsc_track_data("hg38", "cpgIslandExt", "chr13:32315000-32320000", verbose=False)
print(result.query_type, result.provider, len(result.records))
  • 示例结果: 以下为返回格式,未执行联网查询;实际记录数由在线数据库决定。
annotation UCSC <返回记录数>

6) 在参考组装之间映射区间坐标

  • 作用: 将一个参考组装上的基因组区间映射到另一个组装。
  • 计算方法: 调用 Ensembl 坐标映射接口,并在返回结果中保留源组装、目标组装与坐标约定。
  • API: dnakit.search.map_coordinates(species[必须], region[必须], source_assembly[必须], target_assembly[必须], strand[可选], config[可选], verbose[可选])
  • 输入: 物种、0-based 半开 区间、源组装和目标组装;可选链方向和 SearchConfig。需要联网。
  • 输出: 返回 QueryResult,包含查询记录 records、数据源 provider 和分页信息。
  • 示例代码:
from dnakit.search import map_coordinates

result = map_coordinates(
    "human",
    "1:100000-101000",
    source_assembly="GRCh38",
    target_assembly="GRCh37",
    verbose=False,
)
print(result.query_type, result.provider, len(result.records))
  • 示例结果: 以下为返回格式,未执行联网查询;实际记录数由在线数据库决定。
coordinate_mapping Ensembl <返回记录数>

7) 查询基因家族的跨物种系统发育树

  • 作用: 查询基因家族的跨物种系统发育树。
  • 处理方法: 通过 EnsemblCompara 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.ensembl_compara_get_gene_tree(*, gene, species=None, verbose=True)
  • 输入: 必须提供 gene。
  • 输出: 返回字典,包含 tree_id, newick, rooted, members 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.ensembl_compara_get_gene_tree(
    gene='BRCA1',
    species='human',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

{
  "tree_id": "<string>",
  "newick": "<string>",
  "rooted": "<boolean>",
  "members": [
    "<object>"
  ],
  "total_members": "<integer>"
}

完整参数与使用说明

8) 查询跨物种直系同源基因

  • 作用: 查询跨物种直系同源基因。
  • 处理方法: 通过 EnsemblCompara 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.ensembl_compara_get_orthologues(*, gene, species=None, target_species=None, target_taxon=None, verbose=True)
  • 输入: 必须提供 gene。
  • 输出: 返回记录列表;每条记录包含 source_gene, target_gene, target_protein, target_species 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.ensembl_compara_get_orthologues(
    gene='BRCA1',
    target_species='mouse',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

[
  {
    "source_gene": "<string>",
    "target_gene": "<string>",
    "target_protein": "<string>",
    "target_species": "<string>",
    "homology_type": "<string>",
    "taxonomy_level": "<string>",
    "method": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

9) 查询基因复制产生的旁系同源基因

  • 作用: 查询基因复制产生的旁系同源基因。
  • 处理方法: 通过 EnsemblCompara 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.ensembl_compara_get_paralogues(*, gene, species=None, verbose=True)
  • 输入: 必须提供 gene。
  • 输出: 返回记录列表;每条记录包含 source_gene, paralogue_gene, paralogue_protein, species 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.ensembl_compara_get_paralogues(
    gene='TP53',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

[
  {
    "source_gene": "<string>",
    "paralogue_gene": "<string>",
    "paralogue_protein": "<string>",
    "species": "<string>",
    "paralogy_type": "<string>",
    "taxonomy_level": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

10) 按基因名称查询同源关系

  • 作用: 按基因名称查询同源关系。
  • 处理方法: 通过 Ensembl 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.ensembl_get_homology(*, species, symbol, target_species=None, target_taxon=None, type=None, sequence=None, aligned=None, verbose=True)
  • 输入: 必须提供 species, symbol。
  • 输出: 返回记录列表;每条记录包含 homologies 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.ensembl_get_homology(
    species='human',
    symbol='BRCA2',
    target_species='mouse',
    type='orthologues',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

[
  {
    "homologies": [
      "<object>"
    ]
  }
]

完整参数与使用说明

11) 查询基因组区间重叠的注释特征

  • 作用: 查询基因组区间重叠的注释特征。
  • 处理方法: 通过 Ensembl 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.ensembl_get_overlap_features(*, species, region, feature=None, biotype=None, verbose=True)
  • 输入: 必须提供 species, region。
  • 输出: 返回记录列表;每条记录包含 id, external_name, biotype, start 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.ensembl_get_overlap_features(
    species='human',
    region='7:140424943-140624564',
    feature='gene',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

[
  {
    "id": "<string>",
    "external_name": "<string>",
    "biotype": "<string>",
    "start": "<integer>",
    "end": "<integer>"
  }
]

完整参数与使用说明

12) 查询基因组区间内的调控元件

  • 作用: 查询基因组区间内的调控元件。
  • 处理方法: 通过 Ensembl 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.ensembl_get_regulatory_features(*, region, species=None, feature, verbose=True)
  • 输入: 必须提供 region, feature。
  • 输出: 返回记录列表;每条记录包含 id, feature_type, start, end 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.ensembl_get_regulatory_features(
    region='1:1000000-2000000',
    species='human',
    feature='regulatory',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

[
  {
    "id": "<string>",
    "feature_type": "<string>",
    "start": "<integer>",
    "end": "<integer>",
    "strand": "<integer>",
    "seq_region_name": "<string>",
    "description": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

13) 按编号或名称查询 Ensembl 基因信息

  • 作用: 按编号或名称查询 Ensembl 基因信息。
  • 处理方法: 通过 Ensembl 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.ensembl_lookup_gene(*, gene_id=None, species=None, id=None, verbose=True)
  • 输入: 按示例选择查询条件;可选参数使用接口默认值。
  • 输出: 返回字典,包含 id, display_name, description, biotype 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.ensembl_lookup_gene(
    gene_id='ENSG00000012048',
    species='homo_sapiens',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

{
  "id": "<string>",
  "display_name": "<string>",
  "description": "<string>",
  "biotype": "<string>",
  "start": "<integer>",
  "end": "<integer>",
  "strand": "<integer>",
  "seq_region_name": "<string>"
}

完整参数与使用说明

14) 按官方基因名称查询 HGNC 注释

  • 作用: 按官方基因名称查询 HGNC 注释。
  • 处理方法: 通过 HGNC 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.hgnc_fetch_gene_by_symbol(*, symbol, verbose=True)
  • 输入: 必须提供 symbol。
  • 输出: 返回字典,包含 hgnc_id, symbol, name, locus_type 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.hgnc_fetch_gene_by_symbol(
    symbol='TP53',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

{
  "hgnc_id": "<string>",
  "symbol": "<string>",
  "name": "<string>",
  "locus_type": "<string>",
  "locus_group": "<string>",
  "status": "<string>",
  "location": "<string>",
  "entrez_id": "<string>"
}

完整参数与使用说明

15) 批量查询基因注释与标识映射

  • 作用: 批量查询基因注释与标识映射。
  • 处理方法: 通过 MyGene 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.my_gene_batch_query(*, gene_ids, species=None, fields=None, verbose=True)
  • 输入: 必须提供 gene_ids。
  • 输出: 返回字典,包含 results 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.my_gene_batch_query(
    gene_ids=['CDK2', 'TP53', 'BRCA1'],
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

{
  "results": [
    {
      "_id": "<string>",
      "query": "<string>",
      "symbol": "<string>",
      "name": "<string>",
      "entrezgene": "<integer>",
      "notfound": "<boolean>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

16) 按基因编号获取综合注释

  • 作用: 按基因编号获取综合注释。
  • 处理方法: 通过 MyGene 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.my_gene_get_gene_annotation(*, gene_id, fields=None, verbose=True)
  • 输入: 必须提供 gene_id。
  • 输出: 返回字典,包含 _id, symbol, name, entrezgene 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.my_gene_get_gene_annotation(
    gene_id='1017',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

{
  "_id": "<string>",
  "symbol": "<string>",
  "name": "<string>",
  "entrezgene": "<integer>",
  "ensembl": {
    "gene": "<string>",
    "transcript": [
      "<string>"
    ],
    "protein": [
      "<string>"
    ]
  },
  "summary": "<string>",
  "go": {
    "BP": [
      "<value>"
    ],
    "CC": [
      "<value>"
    ],
    "MF": [
      "<value>"
    ]
  },
  "pathway": "<object>"
}

完整参数与使用说明

17) 按关键词或标识检索基因

  • 作用: 按关键词或标识检索基因。
  • 处理方法: 通过 MyGene 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.my_gene_query_genes(*, query=None, species=None, fields=None, size=None, q=None, verbose=True)
  • 输入: 按示例选择查询条件;可选参数使用接口默认值。
  • 输出: 返回字典,包含 took, total, max_score, hits 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.my_gene_query_genes(
    query='CDK2',
    species='human',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

{
  "took": "<integer>",
  "total": "<integer>",
  "max_score": "<number>",
  "hits": [
    {
      "_id": "<string>",
      "_score": "<number>",
      "symbol": "<string>",
      "name": "<string>",
      "entrezgene": "<integer>",
      "ensembl": "<object>",
      "summary": "<string>"
    }
  ]
}

完整参数与使用说明

18) 按 NCBI Gene ID 获取基因详情

  • 作用: 按 NCBI Gene ID 获取基因详情。
  • 处理方法: 通过 NCBIDatasets 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.ncbidatasets_get_gene(*, gene_id, verbose=True)
  • 输入: 必须提供 gene_id。
  • 输出: 返回字典,包含 gene_id, symbol, description, tax_id 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.ncbidatasets_get_gene(
    gene_id='7157',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

{
  "gene_id": "<string>",
  "symbol": "<string>",
  "description": "<string>",
  "tax_id": "<string>",
  "taxname": "<string>",
  "common_name": "<string>",
  "type": "<string>",
  "chromosomes": [
    "<string>"
  ]
}

完整参数与使用说明

19) 按基因名称与物种查询 NCBI 基因

  • 作用: 按基因名称与物种查询 NCBI 基因。
  • 处理方法: 通过 NCBIDatasets 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.ncbidatasets_get_gene_by_symbol(*, symbol, taxon=None, organism=None, species=None, verbose=True)
  • 输入: 必须提供 symbol。
  • 输出: 返回记录列表;每条记录包含 gene_id, symbol, description, tax_id 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.ncbidatasets_get_gene_by_symbol(
    symbol='BRCA1',
    taxon='human',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

[
  {
    "gene_id": "<string>",
    "symbol": "<string>",
    "description": "<string>",
    "tax_id": "<string>",
    "taxname": "<string>",
    "type": "<string>",
    "chromosomes": [
      "<string>"
    ],
    "swiss_prot_accessions": [
      "<string>"
    ]
  }
]

完整参数与使用说明

20) 按 NCBI 基因编号查询直系同源基因

  • 作用: 按 NCBI 基因编号查询直系同源基因。
  • 处理方法: 通过 NCBIDatasets 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.ncbidatasets_get_orthologs(*, gene_id, page_size=None, verbose=True)
  • 输入: 必须提供 gene_id。
  • 输出: 返回记录列表;每条记录包含 gene_id, symbol, description, tax_id 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.ncbidatasets_get_orthologs(
    gene_id='7157',
    page_size=10,
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

[
  {
    "gene_id": "<string>",
    "symbol": "<string>",
    "description": "<string>",
    "tax_id": "<string>",
    "taxname": "<string>",
    "common_name": "<string>",
    "type": "<string>",
    "chromosomes": [
      "<string>"
    ]
  }
]

完整参数与使用说明

21) 获取 NCBI 基因摘要与功能信息

  • 作用: 获取 NCBI 基因摘要与功能信息。
  • 处理方法: 通过 Base 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.ncbigene_get_summary(*, id, verbose=True)
  • 输入: 必须提供 id。
  • 输出: 返回字典,包含 result 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.ncbigene_get_summary(
    id='7157',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

{
  "result": {
    "uids": [
      "<string>"
    ]
  }
}

完整参数与使用说明

  • 作用: 按物种和关键词检索 NCBI 基因编号。
  • 处理方法: 通过 Base 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.ncbigene_search(*, term, retmax=None, verbose=True)
  • 输入: 必须提供 term。
  • 输出: 返回字典,包含 header, esearchresult 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.ncbigene_search(
    term='TP53[Symbol] AND Homo sapiens[Organism]',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

{
  "header": {
    "type": "<string>",
    "version": "<string>"
  },
  "esearchresult": {
    "count": "<string>",
    "retmax": "<string>",
    "retstart": "<string>",
    "idlist": [
      "<string>"
    ],
    "querytranslation": "<string>"
  }
}

完整参数与使用说明

23) 查询 MANE 转录本与 RefSeq 对应关系

  • 作用: 查询 MANE 转录本与 RefSeq 对应关系。
  • 处理方法: 通过 TarkManeTranscripts 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.tark_get_mane_transcripts(*, gene=None, ensembl_id=None, refseq_id=None, verbose=True)
  • 输入: 按示例选择查询条件;可选参数使用接口默认值。
  • 输出: 返回记录列表;每条记录包含 gene, mane_type, ensembl_transcript, refseq_transcript 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.tark_get_mane_transcripts(
    gene='BRCA2',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

[
  {
    "gene": "<string>",
    "mane_type": "<string>",
    "ensembl_transcript": "<string>",
    "refseq_transcript": "<string>"
  }
]

完整参数与使用说明

24) 查询 Ensembl 转录本历史记录

  • 作用: 查询 Ensembl 转录本历史记录。
  • 处理方法: 通过 TarkTranscript 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.tark_get_transcript(*, stable_id, verbose=True)
  • 输入: 必须提供 stable_id。
  • 输出: 返回“查询 Ensembl 转录本历史记录”的列表;元素结构见下方示例。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.tark_get_transcript(
    stable_id='ENST00000380152',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

[
  "<object>"
]

完整参数与使用说明

25) 查询基因的转录本与 MANE 注释

  • 作用: 查询基因的转录本与 MANE 注释。
  • 处理方法: 通过 Base 按输入条件检索或提交请求,并解析响应。
  • API: dnakit.databases.variant_validator_gene2transcripts(*, gene_symbol, gene=None, gene_name=None, transcript_set=None, genome_build=None, verbose=True)
  • 输入: 必须提供 gene_symbol。
  • 输出: 返回记录列表;每条记录包含 current_name, current_symbol, hgnc, previous_symbol 等字段。
  • 示例代码:
import dnakit

result = dnakit.databases.variant_validator_gene2transcripts(
    gene_symbol='TP53',
    transcript_set='mane',
    genome_build='GRCh38',
    verbose=False,
)
print(result)
  • 示例结果: 返回结构如下,实际记录随输入和数据源变化。

返回结构节选;<…> 表示类型占位符,非本次查询的实测数据。

[
  {
    "current_name": "<string>",
    "current_symbol": "<string>",
    "hgnc": "<string>",
    "previous_symbol": "<string>",
    "requested_symbol": "<string>",
    "transcripts": [
      "<object>"
    ]
  }
]

完整参数与使用说明